El UD Almería es el fruto de una ciudad que tuvo que esperar mucho tiempo por el fútbol profesional. Antes de 1989, la historia futbolística de la provincia era una sucesión de clubes fracasados, desde el Almería Foot-Ball Club, el Almería Sporting Club y el Almería Athletic Club de las primeras décadas hasta la posterior AD Almería, que jugó en Primera División entre 1979 y 1981 y desapareció en 1982. El último intento llegó en julio de 1989, cuando el empresario Guillermo Blanes puso en marcha el Almería Club de Fútbol, un club sin historia y con un único objetivo: ascender. En 2001 pasó a llamarse Unión Deportiva Almería tras la retirada del Polideportivo Almería, y conservó su número de federación original.
El ascenso fue lento. En la temporada 2005-06 el club cumplía su cuarto año consecutivo en Segunda División y terminó sexto, y lo que cambió sus perspectivas fue un nuevo estadio. El Estadio de los Juegos Mediterráneos se inauguró el 31 de julio de 2004, construido con un coste de unos 21 millones de euros para los Juegos Mediterráneos de 2005 que acogió la ciudad. El estadio es de titularidad municipal y el club lo explota mediante una cesión de larga duración, que los nuevos propietarios acordaron ampliar otros 25 años en 2021. Su nombre comercial ha cambiado, a Power Horse Stadium entre 2022 y 2024 y después a UD Almería Stadium, pero la identidad del club siempre ha estado ligada al nombre original y a los Juegos que conmemora.
El gran salto llegó en 2007 bajo la dirección del entrenador Unai Emery. El 19 de mayo de 2007 el Almería terminó subcampeón de Segunda División y logró el primer ascenso a Primera de su historia, devolviendo el fútbol de élite a una provincia que llevaba 26 años sin él. El debut fue memorable: en su primer partido de Primera, el club ganó 3-0 en el campo del Deportivo de La Coruña. En 2007-08 terminó octavo, que sigue siendo su mejor resultado en la máxima categoría, con Álvaro Negredo como máximo goleador.
Los años siguientes fueron una historia de movimiento entre categorías. El Almería descendió en 2011 y regresó en 2013 a través de la promoción de ascenso, que incluyó una victoria en la prórroga sobre Las Palmas y otra sobre el Girona. Volvió a descender en 2015, tras jugar seis temporadas en total en Primera. El tercer ascenso llegó en 2021-22, cuando el club subió como campeón de Segunda División con el entrenador conocido como Rubi, lo que confirmó su fama como uno de los clubes más jóvenes de España en consolidarse en Primera.
Fuera del campo, el camino del club ha estado marcado por propietarios extranjeros. Turki Al-Sheikh asumió el mando del club y lo llevó a la era de Rubi, y en mayo de 2025 el consorcio inversor saudí SMC Group, liderado por Mohammed Al-Khereiji, se lo compró. Los rojiblancos, conocidos también como los Indálicos, juegan por ahora en Segunda División, y siguen siendo un club joven cuyo presente aún se está escribiendo. Para una provincia cuyo fútbol fue en su día una historia de clubes que iban y venían, la historia del Almería desde 1989 ha sido la de la persistencia, y su primera aparición en Primera en 2007 es la fecha por la que se mide al club.