El Znicz Pruszków nunca ha jugado, en su siglo de historia, en la maxima categoria del futbol polaco, y sin embargo se ha ganado un lugar duradero en la historia futbolistica del pais como el club que creyo en un joven Robert Lewandowski en uno de los momentos mas dificiles de su carrera y ayudo a lanzarlo hacia el Lech Poznań de la Ekstraklasa. Las raices del club se remontan a 1922, cuando se fundo el Victoria en Pruszków, uno de los primeros clubes deportivos organizados de la localidad, aunque el 19 de diciembre de 1923 se reconoce oficialmente como la fecha de fundacion del Znicz. El primer exito destacado del club se considera el tercer puesto logrado en el I Campeonato de Varsovia, disputado en 1945, tras lo cual el Znicz desaparecio en gran medida de los titulares durante varias decadas, deambulando por las ligas inferiores de la region de Mazovia.
El gran salto llego a mediados de la decada de 2000, cuando un entonces adolescente de dieciseis anos, Robert Lewandowski, se incorporo al club, pasando dos temporadas, 2006-2008, vistiendo la camiseta amarilla y roja. En ese mismo periodo, el Znicz alcanzo en dos ocasiones los dieciseisavos de final de la Copa de Polonia, y en la temporada 2007-08, tras ganar la Copa Regional de Mazovia y liderar su grupo de la III liga, logro un historico primer ascenso a la II liga. El desarrollo del club se vio impulsado entonces por nuevos campos de entrenamiento y por la Academia de Futbol del Znicz, fundada en 2011 y ampliada de forma constante en los anos siguientes como pilar del trabajo con las categorias inferiores. Ese progreso culmino en la temporada 2014-15, cuando el equipo de Pruszków alcanzo de forma sensacional los cuartos de final de la Copa de Polonia, eliminando por el camino al Odra Opole, al Termalica Bruk-Bet Nieciecza, al Zagłębie Lubin y al Stal Rzeszów, antes de caer ante el eventual campeon del torneo, el Lech Poznań, hasta hoy el mayor logro copero en la historia del club.
Esa misma temporada tambien le dio al Znicz su primer ascenso historico a la I liga, repetido en 2022 y de nuevo en 2023, cuando el club, aun conocido como los Rayos, regreso al nivel justo por debajo de la Ekstraklasa gracias a un gol marcado en el minuto 80 del partido decisivo. El Znicz mantiene desde hace tiempo una intensa rivalidad regional con el cercano Pogoń Grodzisk Mazowiecki y disputa sus partidos como local en el estadio MZOS, mejorado a lo largo de los anos para cumplir con los requisitos de infraestructura de la liga en Pruszków, siguiendo siendo -pese a no haber jugado nunca en la maxima categoria- uno de los clubes mas reconocidos de toda la region de Mazovia.