El FC Krasnodar logro algo casi inedito en el futbol ruso moderno: el 24 de mayo de 2025, apenas diecisiete anos despues de fundarse desde cero, el club conquisto su primer campeonato nacional, venciendo 3-0 en casa al Dinamo de Moscu para hacerse con un titulo que durante decadas habia sido patrimonio de clubes con raices que se remontaban a la era sovietica. El club se fundo el 22 de febrero de 2008 por iniciativa de Serguei Galitski, fundador de la cadena de supermercados Magnit, quien se propuso construir un equipo de Krasnodar en torno a una filosofia a largo plazo centrada en el desarrollo de talento local en lugar de depender de fichajes externos. El FC Krasnodar disputo su primer partido oficial el 12 de abril de 2008 en Taganrog, empatando 0-0 con el Nika Krasny Sulin, tras haber entrado directamente en el futbol profesional en la Segunda Division, el tercer nivel del futbol ruso.
Desde el principio, Galitski invirtio fuertemente en la formacion juvenil, abriendo la escuela de futbol del club el mismo ano de su fundacion y, dos anos despues, una academia donde los jovenes jugadores de otras ciudades podian vivir y entrenar, una infraestructura que hoy cuenta con 37 sedes en la region y se considera entre las mejores de Rusia. En 2010 se moderniz la base de entrenamiento del club con varios campos, un centro medico, piscinas y una camara hiperbarica, instalaciones que en aquel momento pocos clubes de la Liga Premier rusa podian igualar. El rapido ascenso del club por la piramide futbolistica fue acompanado, fuera del terreno de juego, por la construccion de un nuevo estadio con capacidad para 34.200 espectadores, inaugurado oficialmente el 9 de octubre de 2016 con un amistoso entre Rusia y Costa Rica, junto a un parque publico adyacente que se convirtio en sena de identidad del club en la ciudad.
El Krasnodar llego por primera vez a la Liga Premier rusa en 2011 y desde entonces ha competido con regularidad en competicion europea, incluida una fase de grupos de la Liga de Campeones, antes de conquistar finalmente el titulo que tanto se le habia resistido. Tras haber terminado subcampeon de liga en varias ocasiones anteriores, incluida la temporada 2023-24, cuando una victoria ante el Dinamo de Moscu no basto para impedir que el Zenit de San Petersburgo se llevara la corona, el Krasnodar completo el trabajo un ano despues, con un gol de Nikita Krivtsov, asistido por Eduard Sperzyan, que sello el primer campeonato ruso del club. El FC Krasnodar disputa sus partidos como local en su propio estadio en la ciudad de Krasnodar.