El Hammarby IF empezó como un club de remo. El 10 de abril de 1889 se fundó en Södermalm, en la parte sur del centro de Estocolmo, el Hammarby Roddförening, y la sección de fútbol se creó el 13 de agosto de 1915. El primer campo fue el Hammarby IP, que el club utilizó hasta 1946. Todavía considera Södermalm su corazón, aunque hoy el equipo juega en Johanneshov, en el sur de la ciudad. Los colores son el verde y el blanco, y el apodo del equipo es Bajen. En 1916 el club participó por primera vez en el Svenska Mästerskapet, la competición de copa que entonces decidía el campeón de Suecia.
En la primera temporada de la Allsvenskan, 1924-25, el Hammarby jugó junto al AIK, con el que mantiene desde el principio una rivalidad estocolmesa. En las décadas siguientes subió y bajó, y la última vez que descendió de la máxima categoría fue al terminar último en 1939-40. Solo ganó el título en 2001, y sigue siendo su único campeonato. El equipo ganó 14 partidos, empató 6 y perdió 6, sumando 48 puntos, con Andreas Hermansson como máximo goleador con 14 goles y Lars Eriksson en la portería. El Djurgården fue segundo y el AIK tercero, de modo que por primera vez tres clubes de Estocolmo ocuparon el podio.
El título dio al Hammarby una plaza en la previa de la Liga de Campeones de 2002-03. Un año después el club fue subcampeón, con 51 puntos y Kennedy Bakircioglü como máximo goleador (12 goles), lo que le llevó a la Copa de la UEFA 2004-05. Siguieron años más duros, incluido un descenso, pero en 2014 el club ganó la Superettan y desde 2015 vuelve a jugar en la Allsvenskan. En 2015 su asistencia media de 25.507 espectadores fue un récord de la máxima categoría sueca, superando los 25.490 del Örgryte de 1959.
La historia reciente del club ha traído más éxitos. En 2020-21 el Hammarby ganó su primera Copa de Suecia, fue subcampeón de liga en 2024 (54 puntos) y mejoró en 2025 (62 puntos, 60 goles). El máximo goleador de 2025 fue Nahir Besara, con 17 goles, y el equipo jugó la previa de la Conference League 2025-26, quedando eliminado en la tercera ronda. En 2026 el club vuelve a estar entre los líderes de la clasificación.
El estadio del club en Johanneshov se inauguró en 2013 y tiene capacidad para unos 30.000 espectadores en partidos de fútbol. Lo comparten el Hammarby y el Djurgården, y los partidos entre ellos, y los derbis con el AIK, figuran entre los más concurridos del país. La asistencia media en liga en las últimas temporadas ha oscilado entre unos 23.500 y 24.300 espectadores.
La estructura de propiedad del club se aparta de la habitual en Suecia. La mayoría, el 51%, pertenece a la asociación de aficionados y socios, el 23,5% a la empresa estadounidense AEG y el 23,5% a Zlatan Ibrahimović, copropietario desde 2019. Una historia que empezó con un club de remo del sur de Estocolmo muestra hasta dónde ha llegado el Hammarby, conservando la identidad de un club de Södermalm.