«Подбескидзе» Бельско-Бяла формально существует лишь с 1997 года, однако футбольная родословная клуба уходит корнями во времена Австро-Венгерской империи - клуб является наследником традиций «Билицер футбол-клуба», основанного в 1907 году как первая футбольная команда Бельско. «Спортивное товарищество Подбескидзе» было создано 11 июля 1997 года путём слияния футбольной секции клуба БиБиТиЭс «Влукняж» Бельско-Бяла с районным клубом ДКС «Интер Коморовице», который сам появился ранее в результате объединения «Интера» Бельско-Бяла и ДКС «Коморовице». Новообразованный клуб, первоначально выступавший под названием БиБиТиЭс «Церамед» Коморовице, таким образом объединил традиции нескольких команд Бельско - помимо «Билицер футбол-клуба», также послевоенного «Будовляни» Бельско, основанного в 1949 году, и «Влукняжа», - а старейший из его предшественников уже в 1925 году принял участие в самом первом розыгрыше Кубка Польши, дойдя в краковском округе до полуфинала, где уступил будущему победителю турнира, краковской «Висле».
С момента своего основания в 1997 году новый клуб демонстрировал стремительный спортивный рост, поднявшись за пять лет сразу на три уровня польского футбола - от окружной лиги через четвёртый и третий дивизионы до второй лиги, где в 2002 году клуб принял нынешнее название «Подбескидзе», подчеркнув свой региональный характер и связь с горской идентичностью Бескид. Этот прогресс был прерван общенациональным скандалом с договорными матчами, за который «Подбескидзе» в сезоне 2007/08 было наказано вычетом шести очков и штрафом в 50 тысяч злотых за шесть ранее договорённых встреч - наказание, которое, по мнению некоторых комментаторов, лишило тогда клуб шанса выйти в Экстраклассу. Несмотря на этот эпизод, клуб не отказался от курса на высший дивизион и после реформы лиговой системы в 2008 году последовательно выстраивал сильную команду на подступах к элите.
Исторический момент наступил в сезоне 2010/11, когда «Подбескидзе» впервые в истории Бельско-Бялы завоевало право играть в Экстраклассе, до отказа заполнив Городской стадион и приведя в город таких соперников, как «Легия» Варшава, «Лех» Познань и «Висла» Краков. В высшем дивизионе клуб, которого болельщики называют «Гуралями» (горцами), выступал в 2011-2016 годах, а затем вновь в сезоне 2020/21, одержав по пути свою крупнейшую в истории победу - разгромные 4:0 над «Ягеллонией» Белосток в феврале 2013 года. Хотя с сезона 2024/25 «Подбескидзе» играет во Второй лиге, клуб остаётся одним из непреходящих символов футбола региона Подбескидзе, воплощая более чем вековую местную футбольную традицию у подножия Бескид.