Qarabağ FKUn club que perdió su ciudad, pero no desapareció del fútbol, es el Qarabağ de Agdam. Fue fundado en 1951 en Agdam con el nombre de Məhsul y adoptó su nombre actual en 1987. En 1988, ya como Qarabağ, ganó el campeonato de la RSS de Azerbaiyán, y en 1992 fue miembro fundador de la liga del Azerbaiyán independiente. Un año después ganó su primer título, como primer club de fuera de Bakú. Para entonces ya había estallado la guerra por Nagorno-Karabaj, en la que murió el entrenador del club, Allahverdi Baghirov, y en 1993 el equipo tuvo que abandonar la ciudad destruida de Agdam y trasladarse a Bakú. Desde entonces el Qarabağ es llamado el «club refugiado».
El apodo del club es Atlılar («Los Jinetes») y sus colores son el negro y el blanco. Juega los partidos nacionales en el Azersun Arena de Bakú y los europeos en el mucho mayor Estadio Republicano Tofiq Bahramov, que lleva el nombre del juez de línea azerbaiyano conocido por la final del Mundial de 1966. Su principal rival es el Neftçi de Bakú.
Tras el primer título de 1993, el club esperó 21 años para ganar otro. El punto de inflexión llegó en 2013-14 y desde entonces el Qarabağ domina el fútbol nacional. Ha ganado 12 títulos de liga en total, el último en 2024-25, el cuarto consecutivo, y ocho Copas de Azerbaiyán. Durante la mayor parte de este periodo el equipo ha estado dirigido por Gurban Gurbanov, y la estabilidad en el banquillo se considera una de las principales razones del éxito del club.
Los mayores éxitos han llegado en Europa. En 2017 el Qarabağ eliminó al FC Copenhague en el play-off de la Liga de Campeones (2-2 en el global, con pase por los goles fuera de casa) y se convirtió en el primer club azerbaiyano en jugar la fase de grupos de esa competición, en un grupo que incluía al Chelsea. En 2021-22 avanzó por primera vez de una fase de grupos europea, y en 2025-26 volvió a disputar la fase de liga de la Liga de Campeones. El primer partido de esa campaña, una victoria por 3-2 a domicilio ante el Benfica, fue también la primera victoria del Qarabağ en la fase de liga de la Liga de Campeones. Además venció 2-0 en casa al FC Copenhague y empató 2-2 con el Chelsea, y terminó la fase de liga en el puesto 22.
La noche más célebre de esa campaña fue el partido contra el Eintracht Frankfurt, disputado en Bakú el 21 de enero de 2026. El Qarabağ remontó dos veces: tras el gol de Camilo Durán en el minuto 4, el Eintracht empató y se adelantó con un penalti en el minuto 78, pero Durán igualó en el 80 y Bahlul Mustafazade marcó de cabeza el gol de la victoria en el minuto 94. El 3-2 acabó con las esperanzas del equipo alemán de alcanzar el play-off.
En 2025-26 la racha de títulos del club la cortó el Sabah, que ganó el primer campeonato de su historia el 30 de abril de 2026, mientras el Qarabağ terminó segundo. Eso no cambia la percepción del club. El Qarabağ de Agdam sigue siendo un símbolo nacional para todos los azerbaiyanos y la prueba de que un club puede transformar una historia trágica en un gran éxito deportivo y organizativo, sin su ciudad pero con la memoria de ella.
