El FC Twente nació el 1 de julio de 1965 tras la fusión de dos eternos rivales de Enschede, el Sportclub Enschede y el Enschedese Boys. La decisión quedó en la memoria de los aficionados como la "noche de Vrieler", la noche del 13 al 14 de abril de 1965, cuando los socios de ambos clubes, pese a décadas de enemistad, votaron a favor de la unión para salvar el fútbol profesional en la ciudad. El nuevo club heredó el puesto del SC Enschede en la Eredivisie.
Conocido como De Tukkers, el equipo pasó décadas entre los mejores del fútbol neerlandés, pero tuvo que esperar hasta la temporada 2009-10 para conquistar su primer título de liga. Dirigidos por el inglés Steve McClaren —un técnico que apenas dieciocho meses antes había sido objeto de burlas en su país tras su fallido paso por la selección inglesa—, los de Enschede terminaron un punto por delante del Ajax y, el 2 de mayo de 2010, sellaron un triunfo 2-0 como visitantes ante el NAC Breda para hacerse con el primer campeonato de Eredivisie de su historia. Aquel mismo verano, el Twente conquistó también la Supercopa neerlandesa (Johan Cruyff Schaal), venciendo de nuevo al Ajax. El palmarés del club incluye además tres Copas de los Países Bajos, en 1977, 2001 y 2011, y una segunda Supercopa lograda un año después.
El episodio europeo más relevante de la historia del club sigue siendo la final de la Copa de la UEFA de 1975. Tras un primer partido sin goles en Düsseldorf, el Twente cayó 1-5 en la vuelta ante el Borussia Mönchengladbach, disputada en el Diekman Stadion de Enschede ante más de 21.000 espectadores; sigue siendo el acercamiento más cercano del club a un título europeo, aunque el título de 2010 le abrió las puertas de su única participación en la fase de grupos de la Liga de Campeones.
Aquel triunfo de hace quince años contrasta con el turbulento periodo que le siguió. Un controvertido acuerdo de inversión con el fondo Doyen Sports sumió al club en una grave crisis financiera: entre 2014 y 2016, la federación neerlandesa (KNVB) restó puntos al Twente en tres ocasiones, y el club llegó a estar en riesgo de perder su licencia profesional. El Twente logró sobrevivir, aunque en 2018 descendió de la Eredivisie por primera vez en 34 años, regresando a la máxima categoría tras una sola temporada en la Eerste Divisie. Desde 1998, el Twente disputa sus partidos como local en el estadio conocido hoy como De Grolsch Veste, construido en el solar del histórico Diekman Stadion. El equipo viste tradicionalmente de rojo por completo, con el emblema del caballo de Twente, y su máximo goleador histórico sigue siendo el delantero suizo Blaise Nkufo, con 114 tantos.