«Твенте» основан 1 июля 1965 года в результате слияния двух давних соперников из Энсхеде — «Спортклуба Энсхеде» и «Энсхедезе Бойз». Решение о слиянии болельщики запомнили как «ночь Вриелера» — ночь с 13 на 14 апреля 1965 года, когда члены обоих клубов, несмотря на десятилетия взаимной вражды, проголосовали за объединение ради спасения профессионального футбола в городе. Новый клуб унаследовал место СК «Энсхеде» в Эредивизи.
Команда, известная как «Тукерс», десятилетиями входила в число сильнейших в Нидерландах, однако первого национального титула ей пришлось ждать до сезона 2009/10. Под руководством англичанина Стива Макларена — тренера, которого всего полутора годами ранее высмеивали на родине после неудачной работы со сборной, — «Твенте» опередил «Аякс» на одно очко и 2 мая 2010 года, победив в гостях НАК Бреда со счётом 2:0, впервые в своей истории завоевал чемпионство Нидерландов. Тем же летом «Твенте» также выиграл Суперкубок страны (Кубок Йохана Кройфа), вновь обыграв «Аякс». В активе клуба также три победы в Кубке Нидерландов — в 1977, 2001 и 2011 годах — и второй Суперкубок, завоёванный годом позже.
Самым значимым европейским эпизодом в истории клуба остаётся финал Кубка УЕФА 1975 года. После безголевой первой встречи в Дюссельдорфе «Твенте» уступил в ответном матче «Боруссии» из Мёнхенгладбаха со счётом 1:5; игра прошла на стадионе «Дикман» в Энсхеде при более чем 21 тысяче зрителей — это по-прежнему ближайшее приближение клуба к европейскому трофею, хотя титул 2010 года открыл команде путь к единственному в истории клуба выступлению в групповом этапе Лиги чемпионов.
Триумф пятнадцатилетней давности резко контрастирует с бурным периодом, последовавшим за ним. Скандальная инвестиционная сделка с фондом Doyen Sports ввергла клуб в серьёзный финансовый кризис: с 2014 по 2016 год Королевский нидерландский футбольный союз (KNVB) трижды снимал с «Твенте» очки в чемпионате, а клубу даже грозила потеря профессиональной лицензии. «Твенте» удалось выстоять, однако в 2018 году команда впервые за 34 года вылетела из Эредивизи, вернувшись в высший дивизион всего через один сезон, проведённый во втором по силе дивизионе. С 1998 года «Твенте» проводит домашние матчи на стадионе, известном сегодня как «Де Гролш Весте», построенном на месте исторического стадиона «Дикман». Команда традиционно выступает в полностью красной форме с эмблемой твентского коня, а лучшим бомбардиром в истории клуба остаётся швейцарский нападающий Блез Нкуфо, забивший 114 мячей.