ФК «Утрехт» существует потому, что город решил сохранить футбол высокого уровня. В конце 1960-х годов муниципалитет Утрехта начал переговоры об объединении профессиональных секций «ДОС», «Элинквейк» и «Велокс», чтобы город не потерял место в элите. «Элинквейк» и «Велокс» участвовали неохотно, но 1 июля 1970 года слияние состоялось. «ДОС» в 1969 году финишировал чуть выше зоны вылета, что обеспечило новому клубу место в Эредивизи с первого сезона. Клуб получил стадион «ДОС» — «Хальхенвард», — и более половины его состава, а красно-белые цвета происходят от герба города. «ДОС» дал и свою расшифровку названия — «Дор Уфенинг Стерк» («сильны благодаря тренировке»). Первый официальный матч нового клуба прошёл против «Фейеноорда», тогдашнего обладателя Кубка европейских чемпионов.
Слияние создало один из самых стабильных нидерландских клубов вне традиционной элиты. «Утрехт» — единственный клуб вне «большой тройки» («Аякс», «ПСВ», «Фейеноорд»), который никогда не вылетал из Эредивизи. Его лучшее место в чемпионате — третье, в 1981 году. В 1982 году клуб дошёл до финала Кубка Нидерландов и проиграл «АЗ-67», при этом четырнадцать из восемнадцати игроков основного состава в том финале были воспитанниками собственной академии. Среди них был вратарь Ханс ван Брекелен, позже выигравший Кубок европейских чемпионов с «ПСВ». В красно-белой форме выступал и полузащитник Виллем ван Ханегем, а позднее Дирк Кёйт, Михаэл Молс и Игор Глущевич.
Кубок определил облик клуба, а болельщики называют команду «Кафайтерс». «Утрехт» выиграл Кубок Нидерландов в 1985 году, когда в финале с «Хелмонд Спорт» победный гол в концовке забил местный футболист Йон ван Лон. После поражения в финале 2002 года от «Аякса» команда под руководством Фоке Бой выиграла кубок в 2003 и снова в 2004 году. В 2004 году она завоевала и Суперкубок Йохана Кройфа, первой среди клубов вне «большой тройки». Три кубка и Суперкубок — полный список крупных трофеев клуба, а чемпионский титул в город так и не пришёл.
Клуб провёл 15 европейских кампаний. Первый заметный результат пришёл в сезоне 1985/86, когда в Кубке обладателей кубков он обыграл дома «Динамо» (Киев) 2:1, но в ответном матче проиграл 1:4. В 2004/05 году он дошёл до группового этапа Кубка УЕФА, выбив «Жилину». Самая памятная ночь пришлась на 26 августа 2010 года, в раунде плей-офф Лиги Европы. Неделей раньше «Утрехт» проиграл первый матч 0:2 в гостях у «Селтика», но дома выиграл 4:0 и прошёл дальше с общим счётом 4:2. В составе играли молодые Рикки ван Вольфсвинкель, Дрис Мертенс и Кевин Строотман, а победа дала клубу первый в истории групповой этап Лиги Европы, где он сыграл с «Наполи» и «Ливерпулем».
У стадиона «Хальхенвард» есть собственная история. До 1970 года это был велодром, построенный в 1936 году и использовавшийся в основном для велоспорта и любительскими командами, в том числе «ДОС». Когда матчи с «Аяксом» и «Фейеноордом» начали приводить к серьёзным инцидентам и приближался европейский футбол, клуб заменил его стадионом исключительно для футбола вместимостью около 23 750 зрителей. Прозвище клуба, «Домстеделингн», отсылает к соборному городу Утрехту.
«Утрехт» остаётся постоянным претендентом на места в еврокубках. В сезоне 2024/25 он занял четвёртое место в Эредивизи и пробился в лиговой этап Лиги Европы 2025/26, где ему достались «Порту», «Лион» и «Ноттингем Форест». Это было его первое появление в основной стадии турнира с 2010 года. В сезоне 2025/26 он завершил чемпионат на шестом месте с 53 очками.