FC Twente powstał 1 lipca 1965 roku z fuzji dwóch odwiecznie zwaśnionych klubów z Enschede – Sportclub Enschede oraz Enschedese Boys. Decyzję o połączeniu kibice zapamiętali jako „noc Vrielera”, czyli noc z 13 na 14 kwietnia 1965 roku, gdy członkowie obu klubów, mimo dziesięcioleci wzajemnej niechęci, zgodzili się na fuzję ratującą zawodowy futbol w mieście. Nowy klub przejął miejsce SC Enschede w Eredivisie.
Drużyna, znana jako De Tukkers, przez dekady należała do czołówki holenderskiej ligi, jednak na pierwsze mistrzostwo kraju musiała czekać aż do sezonu 2009/2010. Prowadzeni przez Anglika Steve’a McClarena – trenera, który zaledwie półtora roku wcześniej był wyśmiewany w Anglii po nieudanej kadencji z reprezentacją – piłkarze wyprzedzili w tabeli Ajax o jeden punkt i 2 maja 2010 roku, wygrywając na wyjeździe z NAC Breda 2:0, sięgnęli po pierwszy w historii klubu tytuł mistrza Holandii. Tego samego lata Twente zdobyło również Superpuchar kraju (Johan Cruijff Schaal), pokonując właśnie Ajax. Do dorobku klubu należą ponadto trzy triumfy w Pucharze Holandii – w latach 1977, 2001 i 2011 – oraz drugi Superpuchar, wywalczony rok później.
Najważniejszym europejskim rozdziałem w historii klubu pozostaje finał Pucharu UEFA 1975. Po bezbramkowym pierwszym meczu w Düsseldorfie Twente uległo w rewanżu Borussii Mönchengladbach 1:5, a spotkanie rozegrano na Diekman Stadion w Enschede przed ponad 21 tysiącami widzów. To wciąż najbliższe podejście klubu do zdobycia europejskiego trofeum, choć mistrzostwo z 2010 roku otworzyło zespołowi drzwi do fazy grupowej Ligi Mistrzów – jedynego w klubowej historii występu na tym poziomie.
Sukces sprzed piętnastu lat kontrastuje z burzliwym okresem, jaki nastąpił później. Kontrowersyjna umowa inwestycyjna z funduszem Doyen Sports doprowadziła klub do poważnego kryzysu finansowego – w latach 2014–2016 holenderski związek piłkarski (KNVB) trzykrotnie odjął Twente punkty w lidze, a klubowi groziło nawet cofnięcie licencji na grę zawodową. Drużyna zdołała jednak przetrwać, choć w 2018 roku spadła z Eredivisie po raz pierwszy od 34 lat, by po roku spędzonym w Eerste Divisie wrócić do elity. Od 1998 roku Twente rozgrywa mecze domowe na stadionie znanym dziś jako De Grolsch Veste, wzniesionym w miejscu historycznego Diekman Stadion. Zespół tradycyjnie występuje w czerwonych koszulkach z herbem przedstawiającym twenckiego konia, a jego najlepszym strzelcem w historii pozostaje szwajcarski napastnik Blaise Nkufo, autor 114 bramek.