FK RFSHistoria FK RFS zaczyna się od trenera, który odszedł z macierzystego klubu i zabrał ze sobą swoich wychowanków. Do 2003 roku trzon przyszłej drużyny stanowili chłopcy urodzeni w latach 1990–1991, trenujący w sekcji młodzieżowej Skonto pod kierunkiem Vladimirsa Beļajevsa. W tym roku Beļajevs odszedł razem z uczniami i założył Daugava Football Sports School. Dwa lata później, 19 maja 2005 roku, powstał zespół seniorski FSK Daugava 90. W 2007 roku wszedł on do łotewskiej pierwszej ligi, rok później zmienił nazwę na FK Daugava, w 2008 roku awansował do Virslīgi, a w 2009 roku spadł z niej. Klub występował później jako Rīgas Futbola Skola, stąd skrót RFS, choć nie ma on związku z miejską akademią młodzieżową o tej samej nazwie, założoną w 1962 roku.
Przełom nastąpił na początku 2016 roku, gdy Łotewski Związek Piłki Nożnej cofnął licencję Skonto i przyznał ją temu klubowi, który przemianował się na RFS. Wychowankowie zajęli więc miejsce w ekstraklasie po instytucji, którą ich nauczyciel kiedyś opuścił. Pierwszy sezon w Virslīdze zakończył się na szóstym miejscu. Właścicielem klubu została później grupa budowlano-deweloperska LNK Industries, a w maju 2023 roku formalnie zmieniono nazwę prawną na FC RFS, choć w użyciu pozostaje także określenie FK RFS. Trzecie miejsce w 2018 roku dało pierwszy awans do europejskich kwalifikacji, a w 2019 roku klub zdobył pierwsze trofeum, Puchar Łotwy, pokonując w finale FK Jelgava. W 2021 roku zdobył krajowy dublet: pierwsze mistrzostwo Virslīgi i puchar.
Najbardziej wyróżniającym elementem klubu jest jego dorobek europejski. Po debiucie w kwalifikacjach Ligi Europy 2019/20 (porażka w dwumeczu 3:4 z Olimpiją Lublana) FK RFS po raz pierwszy zagrał w 2022 roku w kwalifikacjach Ligi Mistrzów, odpadł z HJK Helsinki i spadł do Ligi Konferencji. Wyeliminował następnie Hibernians, a po rzutach karnych także Linfield, zostając pierwszym łotewskim klubem w fazie grupowej tych rozgrywek i dopiero drugim łotewskim zespołem w jakiejkolwiek fazie grupowej UEFA, po Ventspils w sezonie 2009/10. W grupie A, z Fiorentiną, Hearts i İstanbul Başakşehir, zajął ostatnie miejsce. Sezon 2024/25 przyniósł udział w fazie ligowej Ligi Europy, a 23 stycznia 2025 roku FK RFS pokonał Ajax 1:0 na stadionie Daugava w Rydze, po golu Adama Marhieva w 78. minucie. Było to pierwsze zwycięstwo łotewskiego klubu w meczu fazy grupowej lub ligowej UEFA. Wraz z domowymi remisami z Anderlechtem i Galatasaray klub zakończył tę kampanię z dorobkiem pięciu punktów.
W kraju FK RFS i Riga FC są od 2016 roku dwiema dominującymi siłami. Mistrzostwa z lat 2021, 2023 i 2024 przyszły w wyrównanych wyścigach: w 2023 roku z 89 punktami wobec 88 Rigi, w 2024 roku z 90 wobec 87. Puchar Łotwy trafił do klubu w latach 2019, 2021 i 2024, a Superpuchar Łotwy w 2025 roku, w którym mistrzostwo odzyskała Riga FC, a FK RFS zajął drugie miejsce. W 2022 roku uznano go za najlepszy klub sportowy Rygi. Drużyna gra w niebieskich strojach u siebie i w białych na wyjeździe, a mecze rozgrywa na prywatnie finansowanym obiekcie LNK Sporta Parks. Od 2018 roku dyrektorem generalnym jest były reprezentant Łotwy Māris Verpakovskis, a trenerem w europejskiej kampanii 2024/25 był Viktors Morozs. Klub występuje w kwalifikacjach UEFA nieprzerwanie od 2019 roku, ostatnio w Lidze Konferencji 2026/27, a derby Rygi z Riga FC pozostają meczem, który wyznacza rytm łotewskiej piłki.
