РФШИстория «РФС» начинается с тренера, который покинул свой клуб и увёл за собой воспитанников. До 2003 года основу будущей команды составляли мальчики 1990 и 1991 годов рождения, занимавшиеся в юношеской секции «Сконто» под руководством Владимира Беляева. В том году Беляев вместе с учениками ушёл и основал Футбольно-спортивную школу «Даугава». Через два года, 19 мая 2005 года, была создана взрослая команда «Даугава-90». В 2007 году она вошла в Первую лигу Латвии, годом позже была переименована в «Даугава», в 2008 году вышла в Высшую лигу, а в 2009 году вылетела из неё. Позднее клуб выступал как «Рижская футбольная школа» (Rīgas Futbola Skola), отсюда аббревиатура РФС, хотя к одноимённой городской детской академии, основанной в 1962 году, он отношения не имеет.
Переломный момент наступил в начале 2016 года, когда Латвийская футбольная федерация лишила лицензии «Сконто» и передала её этому клубу, получившему название «РФС». Воспитанники заняли место в элите вместо клуба, который когда-то покинул их наставник. Первый сезон в Высшей лиге завершился шестым местом. Позднее владельцем клуба стала строительно-девелоперская группа LNK Industries, а в мае 2023 года юридическое название изменили на «ФК РФС». Третье место в 2018 году дало первый выход в еврокубковые квалификации, а в 2019 году «РФС» завоевал первый трофей — Кубок Латвии, обыграв в финале «Елгаву». В 2021 году клуб сделал национальный дубль: выиграл первый чемпионский титул и кубок.
Наиболее заметная черта клуба — его европейский путь. После дебюта в квалификации Лиги Европы 2019/20 (поражение по сумме двух матчей 3:4 от «Олимпии» из Любляны) «РФС» в 2022 году впервые сыграл в квалификации Лиги чемпионов, уступил «ХИК» и перешёл в Лигу конференций. Затем он выбил «Хибернианс» и по пенальти «Линфилд», став первым латвийским клубом в групповом этапе этого турнира и лишь вторым латвийским клубом в любом групповом этапе УЕФА после «Вентспилса» в сезоне 2009/10. В группе A, где соперниками были «Фиорентина», «Хартс» и «Башакшехир», «РФС» занял последнее место. Сезон 2024/25 принёс участие в лиговом этапе Лиги Европы, и 23 января 2025 года «РФС» обыграл «Аякс» 1:0 на стадионе «Даугава» в Риге, а победный гол на 78-й минуте забил Адам Мархиев. Это первая победа латвийского клуба в матче группового или лигового этапа УЕФА. Вместе с домашними ничьими с «Андерлехтом» и «Галатасараем» клуб завершил ту кампанию с пятью очками.
В чемпионате Латвии «РФС» и «Рига» остаются двумя доминирующими силами с 2016 года. Титулы 2021, 2023 и 2024 годов были завоёваны в упорной борьбе: в 2023 году с 89 очками против 88 у «Риги», в 2024 году с 90 против 87. Кубок Латвии выигран в 2019, 2021 и 2024 годах, Суперкубок Латвии — в 2025 году, когда чемпионство вернула себе «Рига», а «РФС» стал вторым. В 2022 году «РФС» признали лучшим спортивным клубом Риги. Команда играет в синем дома и в белом на выезде, а домашние матчи проводит на частном стадионе «LNK Sporta Parks». С 2018 года генеральным директором является бывший игрок сборной Латвии Марис Верпаковскис, а главным тренером в европейской кампании 2024/25 был Виктор Мороз. «РФС» участвует в квалификации УЕФА каждый сезон с 2019 года, последний раз — в Лиге конференций 2026/27, а рижское дерби с «Ригой» остаётся матчем, задающим ритм латвийскому футболу.
