El Everton FC debe su actual hogar, y de forma indirecta la existencia de su mayor rival, a una disputa por un alquiler. El club se fundó en 1878 como St Domingo FC, un equipo vinculado a una iglesia de Liverpool, y adoptó el nombre de Everton en 1879, por el distrito donde se formó. Desde 1884 jugó en Anfield, pero una disputa con el propietario John Houlding llevó al club a marcharse en 1892 y a trasladarse al otro lado de Stanley Park, a Goodison Park. Houlding se quedó en Anfield y fundó el Liverpool FC. Goodison Park, donde el Everton jugó durante 133 años, se considera el primer gran estadio de Inglaterra construido específicamente para el fútbol.
El Everton fue uno de los doce miembros fundadores de la Football League en 1888 y ganó su primer campeonato en 1890/91. Más tarde añadió títulos en 1914/15, 1927/28, 1931/32 y 1938/39. La temporada 1927/28 pertenece a Dixie Dean, que marcó 60 goles en la liga, un récord de la máxima categoría inglesa que nunca ha sido superado. El descenso de 1930 fue breve: el Everton ganó la Segunda División en 1931 y la Primera un año después. Las tradiciones del club se resumen en su lema, Nil Satis Nisi Optimum («Nada que no sea lo mejor es suficiente»), mientras que el escudo muestra la Torre del Príncipe Ruperto, un monumento del distrito de Everton. A los aficionados y al club se les conoce como los Toffees, y el azul es desde hace generaciones el color de la camiseta.
La década de 1960 trajo una nueva edad de oro bajo el entrenador Harry Catterick. El Everton ganó la liga en 1962/63 y 1969/70, y la FA Cup en 1966, cuando remontó un 0-2 para vencer 3-2 al Sheffield Wednesday en la final. El centro del campo formado por Alan Ball, Colin Harvey y Howard Kendall, apodado la «Santísima Trinidad», fue uno de los más admirados del fútbol inglés. Kendall volvió más tarde como entrenador y dirigió al club en su mejor década.
El equipo que Howard Kendall construyó en los años ochenta, con el portero Neville Southall como pilar, ganó la FA Cup en 1984 y después la liga y la Recopa de Europa en 1984/85. En el camino hacia la final, el Everton derrotó al Bayern de Múnich por 3-1 en Goodison Park en la vuelta de la semifinal, tras un empate sin goles en Múnich. En Róterdam, el 15 de mayo de 1985, venció al Rapid de Viena por 3-1, con goles de Andy Gray, Trevor Steven y Kevin Sheedy. Tres semanas antes, el equipo había perdido la opción de un triplete al caer en la final de la FA Cup ante el Manchester United. En 1986/87 llegó otro título, el noveno de la historia del club. La tragedia de Heysel, en mayo de 1985, y la consiguiente exclusión de cinco años de los clubes ingleses privaron a este equipo de medirse en la Copa de Europa.
El último gran trofeo fue la FA Cup de 1995, ganada por 1-0 al Manchester United, y las cinco FA Cup del club (1906, 1933, 1966, 1984, 1995) siguen siendo motivo de orgullo. El Everton ha sido además un habitual de la máxima categoría: salvo los primeros años cincuenta y la temporada 1930/31, ha militado en Primera desde 1888, y desde 1954 sin interrupción durante más de siete décadas. La cantera dio a Wayne Rooney, que debutó con 16 años en 2002.
En 2025 el primer equipo masculino dejó Goodison Park por un nuevo estadio a orillas del Mersey, en Bramley-Moore Dock, que acogió su primer partido oficial el 24 de agosto de 2025, una victoria por 2-0 ante el Brighton. Goodison Park se salvó de la demolición y lo usa ahora el equipo femenino, de modo que el viejo estadio sigue siendo parte del club.