El FC Inter Turku tiene un apodo que apunta a sus orígenes: también se le conoce como Hinaajat, los Remolcadores. Fue fundado en 1990 por Stefan Håkans, director gerente de la empresa de remolque y salvamento Alfons Håkans, de Turku. Según la propia historia del club, lo creó después de que su hijo de 11 años no encontrara sitio en ningún otro equipo juvenil de la ciudad. El Football Club International Turku nació como equipo juvenil y su plantilla sénior se formó en 1992 en la cuarta categoría del sistema de ligas finlandés.
El ascenso por las divisiones fue rápido. El Inter ganó la Ykkönen, la segunda categoría, en 1995 y juega en la Veikkausliiga desde 1996, salvo una temporada. Terminó último en 1997, descendió y volvió a subir al año siguiente. En 1996 los dos clubes de Turku coincidieron por primera vez en la máxima categoría, y el derbi local contra el TPS reunió a 8.200 espectadores, una cifra récord para entonces. La rivalidad con el TPS ha sido desde entonces el partido local más importante del club.
El gran momento de la historia del club llegó en 2008, cuando el Inter ganó su primer y hasta ahora único campeonato de Finlandia. El título se decidió en la última jornada, con una victoria por 0-2 en la cancha del Jaro. El entrenador neerlandés Job Dragtsma construyó el éxito sobre la defensa: el equipo encajó solo 12 goles en 26 partidos de liga. Ganó 15 encuentros, empató 9 y perdió 2, y terminó con 54 puntos, por delante del Honka y del Lahti. Esa primavera el Inter también había ganado la Copa de la Liga al vencer al TPS en la final, de modo que 2008 fue un año de dos títulos. Desde entonces ha terminado varias veces segundo en la liga, entre ellas en 2011, 2012 y 2025.
El campeonato dio acceso a la fase previa de la Liga de Campeones 2009/10. El Inter perdió ambos partidos de la segunda ronda previa por 1-0 ante el Sheriff de Moldavia y quedó eliminado por 2-0 en el global. Su historial europeo se compone sobre todo de eliminatorias previas. En 2005 superó al ÍA de Islandia por 4-0 en el global en la Copa Intertoto, y en 2022 cayó en una previa de la Conference League ante el Drita de Kosovo por 3-1 en el global.
La copa nacional ha dado tres trofeos, en 2009, 2018 y 2026. En la final de 2018, disputada en el estadio de Töölö, en Helsinki, el Inter venció por 1-0 al favorito HJK. El gol decisivo llegó unos diez minutos antes del final y fue obra del suplente Mikko Kuningas, y el capitán Timo Furuholm celebró la primera copa en nueve años. En 2026 el Inter volvió a imponerse por 1-0 al HJK en la final, esta vez con un gol en el tiempo añadido de la primera parte, y conquistó la copa por tercera vez.
El Inter juega en el estadio del barrio de Kupittaa, en Turku, inaugurado en 1952 y compartido con el TPS. Tiene capacidad para unos 9.000 espectadores. Los colores del club son el azul y el negro, que le dieron el apodo oficial de Sinimustat. Un fundador con negocio de salvamento, un ascenso rápido por las categorías y el derbi local contra el TPS siguen definiendo la identidad del Inter Turku, que terminó segundo en la liga en 2025 y volvió a competir en Europa en 2026.