En octubre de 2009, en el Camp Nou, el Rubin Kazán hizo lo que nadie fuera de Tartaristán esperaba: derrotó 2-1 al FC Barcelona, vigente campeón de Europa. Los goles fueron de Aleksandr Riazántsev y Gökdeniz Karadeniz, y la defensa neutralizó lo bastante a Lionel Messi y Andrés Iniesta como para que el equipo del Volga lograra la primera victoria de su historia en la máxima competición europea de clubes. El Rubin se convirtió así en el club más oriental que haya jugado la fase de grupos de la Liga de Campeones, y la prensa rusa llamó al Barcelona «el arma nuclear del fútbol moderno», derrotada por un modesto equipo de provincias.
El mayor éxito fue precedido por un largo camino. El club fue fundado el 20 de abril de 1958 como Iskra, nombre que llevó hasta 1964, y en 1992-93 jugó como Rubin-TAN. Nunca jugó en la primera división soviética. En 1992 ingresó en la Primera División rusa, en 1994 descendió a la Segunda, y en 1997 ganó esa categoría y volvió a subir. Llegó a la Premier League tras ganar la Primera División en 2002, y en su debut en 2003 terminó tercero, lo que le dio plaza en la Copa de la UEFA. Desde entonces no ha abandonado la máxima categoría durante años.
La edad de oro del club se asocia con el entrenador Kurban Berdíyev. Bajo su dirección el Rubin fue campeón de Rusia por primera vez en 2008 y revalidó el título en 2009. Su posición era excepcional en un país donde los clubes de Moscú y San Petersburgo habían dominado durante mucho tiempo: el Rubin se convirtió en el principal rival del monopolio de las capitales. Entre los líderes del equipo estaban el argentino Alejandro Domínguez, máximo goleador de la temporada 2009, y Román Sháronov, que jugó en la defensa ante el Barcelona.
En la Liga de Campeones 2009-10 el equipo quedó encuadrado en un grupo con el Barcelona, el Inter de Milán y el Dinamo de Kiev. El debut en la competición trajo un empate 1-1 en Kazán con el Inter, campeón de Italia, seguido de la victoria a domicilio en el Camp Nou. El equipo terminó la fase de grupos en tercera posición y avanzó a los dieciseisavos de final de la Europa League. El éxito nacional se completó con copas: en 2012 el Rubin ganó la Copa de Rusia, y en 2010 y 2012 conquistó la Supercopa de Rusia.
El hogar histórico del club fue el Estadio Central, inaugurado en 1960. El Iskra jugó allí el primer partido el 21 de agosto de 1960 y ganó 2-1 al Metalúrg de Kámensk-Uralski. Hoy el Rubin juega en el Kazan Arena, un moderno estadio de unos 45 000 espectadores construido con un coste de 292 millones de euros, inspirado en la cultura local y sede también de partidos del Mundial de 2018. En torno al club ha surgido una fuerte identidad regional: al equipo se le llama los Volzhane (los del Volga), los Kamni (las Piedras) y los Krasno-Zelyonye (los Rojiverdes) por sus colores rojo y verde, y el propio nombre significa rubí.
Desde su debut en 2003, el Rubin Kazán sigue siendo un habitual de la Premier League rusa y uno de los clubes más conocidos del país fuera de Moscú y San Petersburgo. Su historia es la de un pequeño equipo de segunda que en pocos años se convirtió en campeón nacional y se midió con los mejores de Europa. La victoria en el Camp Nou sigue siendo el acontecimiento más importante de la historia del club.