«Вердер» (Бремен) начался, по преданию, с приза, выигранного в перетягивании каната. 4 февраля 1899 года группа 16-летних школьников, выигравших футбольный мяч в таком состязании, основала клуб «Фусбалферайн Вердер». Первый матч клуба, 10 сентября 1899 года, закончился победой 1:0 над «АСК 1898» Бремен. Слово «Вердер» — региональное обозначение речного полуострова, а первое поле клуба находилось у реки Везер. В 1920 году клуб принял нынешнее название — «Шпортферайн Вердер Бремен». Его цвета — зелёный и белый, откуда прозвище «Грюн-Вайссен» («зелёно-белые»), а также «Вердераннер».
Река остаётся частью идентичности клуба. «Везерштадион» стоит на северном берегу Везера в окружении парков, и клуб связан с этим местом с 1909 года. В названии стадиона бывали коммерческие приставки, последняя — с 2019 по 2024 год, но в Бремене он остаётся просто «Везерштадионом».
«Вердер» четыре раза выигрывал чемпионат Германии — в 1965, 1988, 1993 и 2004 годах — и шесть раз Кубок Германии — в 1961, 1991, 1994, 1999, 2004 и 2009 годах. Два самых успешных периода связаны с двумя тренерами. Отто Реххагель вёл клуб в лучшие годы конца 1980-х и начала 1990-х, включая титулы 1988 и 1993 годов. Томас Шааф выиграл чемпионат 1993 года как игрок, а как тренер — золотой дубль чемпионата и кубка в 2004 году. В 2009 году он отметил десятилетие работы главным тренером, а генеральным менеджером клуба на протяжении значительной части этого времени был Клаус Аллофс, с 1999 по 2012 год. К числу игроков, определивших облик клуба, относятся новозеландский нападающий Уинтон Руфер, Руди Фёллер, Мирослав Клозе, Клаудио Писарро и бразильский полузащитник Диего, забивший 54 гола в 132 матчах.
Величайшая европейская ночь клуба пришлась на 6 мая 1992 года на стадионе «Эштадиу да Луш» в Лиссабоне, в финале Кубка обладателей кубков. «Вердер» победил «Монако» 2:0 благодаря голам Клауса Аллофса на 40-й минуте и Уинтона Руфера на 55-й, а матч, прошедший на стадионе вместимостью около 130 тысяч мест, собрал лишь 16 тысяч зрителей. Команда Реххагеля начала розыгрыш с победы над «Селеной» из Бакэу с общим счётом 11:0. Затем она выбила «Ференцварош», «Галатасарай» и «Брюгге», а в финале в Лиссабоне Шааф вышел на замену. Этот трофей остаётся единственным крупным европейским титулом клуба. «Вердер» также выиграл Кубок Интертото УЕФА в 1998 году, а в Суперкубке УЕФА 1992/93 уступил «Барселоне» с общим счётом 2:3.
Второй европейский финал пришёл в сезоне 2008/09, в последнем розыгрыше Кубка УЕФА под этим названием. «Вердер» вступил в турнир в 1/16 финала и выбил «Милан» по правилу гола на выезде после ничьей 1:1 в Бремене и 2:2 на «Сан-Сиро». Затем он обыграл «Сент-Этьен» и «Удинезе», причём Диего забил четыре гола в четвертьфинале против «Удинезе», а в полуфинале победил местного соперника — «Гамбург». 20 мая 2009 года в Стамбуле «Вердер» проиграл финал 1:2 после дополнительного времени донецкому «Шахтёру». Нальдо сравнял счёт после гола Луиса Адриано, а победный мяч на 97-й минуте забил Жадсон, при том что дисквалифицированный Диего в игре не участвовал.
Соперничество с «Гамбургом», Северное дерби (Нордерби), — один из самых традиционных матчей немецкого футбола. В сезоне 2025/26 оно вернулось в Бундеслигу спустя семь лет. «Вердер» вернулся в Бундеслигу в 2022 году после выхода из второго дивизиона, а в сезоне 2025/26 обеспечил сохранение места за тур до конца, заняв 15-е место. Для клуба, сформированного рекой, призом в перетягивании каната и знаменитой лиссабонской ночью, традиция остаётся столь же важной, как и нынешняя турнирная таблица.