El SV Werder Bremen nació, según la tradición, de un premio ganado en un concurso de tiro de cuerda. El 4 de febrero de 1899 un grupo de estudiantes de 16 años, que habían ganado un balón en una de esas pruebas, fundó el Fußballverein Werder. El primer partido del club, el 10 de septiembre de 1899, terminó con una victoria por 1-0 ante el ASC 1898 Bremen. La palabra «Werder» es un término regional para una península fluvial, y el primer campo del club estaba junto al Weser. En 1920 adoptó su nombre actual, Sportverein Werder Bremen. Sus colores son el verde y el blanco, que le dan el apodo de Die Grün-Weißen, y también se le conoce como Die Werderaner.
El río sigue siendo parte de la identidad del club. El Weserstadion se levanta en la orilla norte del Weser, rodeado de parques, y el club está vinculado a este lugar desde 1909. El estadio ha tenido prefijos comerciales en su nombre, el último de 2019 a 2024, pero en Bremen sigue siendo simplemente el Weserstadion.
El Werder ha ganado la liga alemana cuatro veces, en 1965, 1988, 1993 y 2004, y la DFB-Pokal seis veces, en 1961, 1991, 1994, 1999, 2004 y 2009. Los dos periodos de mayor éxito están ligados a dos entrenadores. Otto Rehhagel dirigió al club en sus mejores años de finales de los ochenta y principios de los noventa, incluidos los títulos de 1988 y 1993. Thomas Schaaf ganó la liga de 1993 como jugador y, como entrenador, el doblete de liga y copa en 2004. En 2009 cumplió diez años como entrenador, y durante gran parte de ese periodo el director general fue Klaus Allofs, de 1999 a 2012. Entre los jugadores que marcaron al club figuran el delantero neozelandés Wynton Rufer, Rudi Völler, Miroslav Klose, Claudio Pizarro y el centrocampista brasileño Diego, que marcó 54 goles en 132 partidos.
La mayor noche europea del club llegó el 6 de mayo de 1992 en el Estádio da Luz de Lisboa, en la final de la Recopa de Europa. El Werder Bremen venció al AS Monaco por 2-0, con goles de Klaus Allofs en el minuto 40 y de Wynton Rufer en el 55, y el partido, disputado en un estadio con capacidad para unos 130.000 espectadores, reunió solo a 16.000. El equipo de Rehhagel había comenzado la campaña venciendo al Selena Bacău por 11-0 en el global. Después eliminó al Ferencváros, al Galatasaray y al Club Brugge antes de llegar a la final, y Schaaf entró como suplente en Lisboa. El trofeo sigue siendo el único título europeo importante del club. El Werder ganó también la Copa Intertoto de la UEFA en 1998, y en la Supercopa de la UEFA de 1992-93 perdió ante el Barcelona por 3-2 en el global.
La segunda final europea llegó en 2008-09, en la última edición de la Copa de la UEFA con ese nombre. El Werder entró en la competición en los dieciseisavos y eliminó al AC Milan por el valor de los goles fuera de casa, tras un 1-1 en Bremen y un 2-2 en San Siro. Después venció al Saint-Étienne y al Udinese, con cuatro goles de Diego en los cuartos de final ante el Udinese, y en semifinales superó a su rival local, el Hamburgo. El 20 de mayo de 2009 en Estambul, el Werder perdió la final por 2-1 tras la prórroga ante el Shakhtar Donetsk. Naldo empató tras el gol inicial de Luiz Adriano, y Jádson marcó el gol decisivo en el minuto 97, con el sancionado Diego ausente.
La rivalidad con el Hamburgo, el Nordderby, es uno de los partidos más tradicionales del fútbol alemán. Volvió a la Bundesliga en 2025-26 tras siete años. El Werder regresó a la Bundesliga en 2022 tras ascender desde la segunda categoría y aseguró su permanencia en 2025-26 con una jornada de antelación, terminando decimoquinto. Para un club marcado por un río, un premio de tiro de cuerda y una célebre noche en Lisboa, la tradición sigue siendo tan importante como la clasificación actual.