«Морейренсе» был основан 1 ноября 1938 года в Морейра-де-Конегуш, небольшом приходе в муниципалитете Гимарайнш, в самом сердце региона Минью. Первые десятилетия он оставался чисто региональным клубом, связанным с текстильной промышленностью долины реки Аве и игравшим в любительских соревнованиях округа Брага. В национальные дивизионы клуб пробился лишь в 1979 году. Поэтому его история прежде всего рассказывает о том, как небольшое сообщество сумело построить клуб на уровне, который долгое время казался недосягаемым. К тому же с самого начала он живёт в тени куда более крупных соседей, «Витории» из Гимарайнша и «Браги», с которыми делит регион с самой высокой в Португалии плотностью профессиональных клубов.
В 1995 году «Морейренсе» впервые поднялся во второй дивизион и провёл там пять сезонов. Настоящий прорыв случился в 2002 году, когда клуб дебютировал в Примейре. Под руководством тренера Мануэла Машаду команда в первые годы финишировала в середине таблицы, а в сезоне 2003/04 заняла девятое место, лучшее в своей истории. После ухода Машаду в «Витория» Гимарайнш последовали два вылета подряд. Лишь в 2010 году клуб вернулся на второй уровень, а в 2012 году снова в элиту. Два чемпионства во втором дивизионе, в 2014 и 2023 годах, показывают, что он умеет восстанавливаться после любых неудач.
Самым важным моментом в истории «Морейренсе» стал, однако, 2017 год. Команда под руководством Аугусту Инасиу на пути к финалу Кубка португальской лиги (Taça da Liga) выбила, в частности, «Порту» и «Бенфику». Для клуба из Морейра-де-Конегуш это был первый финал в каком-либо национальном турнире. 29 января 2017 года на «Эштадиу Алгарви» «Морейренсе» обыграл «Брагу» 1:0, а победный гол с пенальти забил бразилец Кауэ. Этим успехом клуб завоевал свой первый трофей национального уровня и оставил болельщикам доказательство того, что в футболе организация значит не меньше бюджета.
Идентичность «Морейренсе» держится на связи между командой и местным сообществом. В населённом пункте, где живёт всего несколько тысяч человек, день матча перестраивает жизнь всего прихода, и эта прямая связь объясняет, как клуб пережил вылеты и финансовые кризисы, погубившие многие португальские команды с куда более долгой историей. Болельщики здесь не безликая масса: это соседи, работники местных предприятий и семьи, связанные с клубом на протяжении поколений. Зелёно-белая футболка для них знак принадлежности к месту, название которого без футбола никогда не попало бы на карту португальского футбола.
Домашней ареной клуба служит стадион «Комендадор Жоакин де Алмейда Фрейташ», открытый в 2002 году и вмещающий около 6150 зрителей. Арена носит имя Комендадора Жоакина де Алмейды Фрейташа. Её камерный масштаб делает атмосферу похожей скорее на встречу местного сообщества, чем на грандиозное зрелище. Именно здесь в сезоне 2016/17 «Морейренсе» обыграл «Порту» 1:0 в групповом этапе Кубка лиги, а затем на пути к финалу выбил и «Бенфику». Стадион служит не только местом проведения матчей, но и символом клуба, который при скромных средствах сумел удержаться в высшем дивизионе и бросать вызов самым сильным.