«Сириус» был основан 9 августа 1907 года в районе Свартбекен в Уппсале, и, согласно собственной истории клуба, основание произошло в канаве рядом со спортивной площадкой. Основатели, Давид Петтерссон и Абдон Эклунд, создали клуб для лёгкой атлетики, а не для футбола. Несколько месяцев обсуждались названия «Свартбекенс ИК» и «ИК Спурт», а 5 апреля 1908 года члены клуба остановились на «Сириусе». Футбол и бенди были добавлены в том же году, а с годами клуб занимался также плаванием, водным поло, хоккеем с шайбой, гандболом, боулингом и лыжами.
На самом деле бенди был первым великим видом спорта клуба. «Сириус» становился чемпионом Швеции по бенди в 1921 и 1922 годах, ещё трижды выигрывал титул в 1960-х годах — в 1961, 1966 и 1968 — и был вице-чемпионом в 1918, 1926, 1928, 1960 и 1962 годах. Это объясняет распространённую путаницу в истории клуба: финал 1928 года, в котором «Сириус» стал вторым, был сыгран в бенди, а не в футбол. Домом обоих видов спорта является стадион «Студентернас» (Studenternas IP), расположенный у реки Фюрис в центре Уппсалы и вмещающий около 10 тысяч зрителей.
В футболе наибольший успех раннего периода пришёл в 1924 году. Выиграв «Эстсвенска серьен» в сезоне 1923/24, «Сириус» дошёл до финала Свенска мёстерскапет — кубкового турнира, определявшего чемпиона Швеции, — и проиграл его 0:5 «Фессбергс ИФ». Этот финал остаётся единственной серебряной медалью клуба в чемпионате страны, а сам турнир в последний раз проводился в 1925 году. В том же сезоне «Сириус» был среди команд, претендовавших на место во вновь созданной Аллсвенскан, но оно досталось «Вестерос ИК».
После этого клуб провёл большую часть своей истории ниже высшего дивизиона. «Сириус» выиграл Дивизион II Свеалан в 1968 году, опередив «Хаммарбю» на восемь очков, а затем прошёл квалификацию, обыграв «Ландскруну» 1:0 и «Сандвикен» 3:0 и проиграв «Йёнчёпингс Сёдра» 2:3, чего оказалось достаточно для выхода в Аллсвенскан. Первое пребывание длилось один сезон и закончилось вылетом в 1969 году после 12-го места. «Сириус» вернулся в 1973 году и вновь играл в высшем дивизионе в 1974 году, а затем в начале 1980-х скатился до четвёртого уровня и в 2010–2013 годах провёл четыре сезона в Дивизионе 1 Норра.
Современный подъём начался с непобеждённого сезона выхода в 2013 году, который вернул клуб в Суперэттан. В сезоне 2013/14 «Сириус» дошёл до полуфинала Кубка Швеции как новичок второго дивизиона и был остановлен «Эльфсборгом». В 2016 году клуб выиграл Суперэттан и обеспечил выход в 28-м туре победой 1:0 в гостях над «Хальмстадом», гол забил Якоб Бергман. Это означало первый сезон в Аллсвенскан с 1974 года, после отсутствия в 42 года.
С тех пор «Сириус» стал закрепившейся командой Аллсвенскан. В 2017 году он занял 7-е место, в 2018-м — 13-е, в 2019-м — 11-е, а в 2025-м — 9-е из 16, и в сезоне 2026 играет в высшем дивизионе десятый год подряд. Болельщики называют клуб «Блосварт», то есть «Сине-чёрные», а его история — это история упорства: небольшое лёгкоатлетическое общество из Свартбекена, лучшие моменты которого пришлись на бенди и которое нашло своё место в шведском футболе только в последнее десятилетие.