El Portsmouth FC posee un récord que ningún otro club probablemente igualará: durante siete años conservó la FA Cup. Ganó el trofeo en 1939, venciendo al Wolverhampton Wanderers por 4-1 en Wembley, un resultado que sorprendió a los favoritos, con el equipo del capitán Jimmy Guthrie ganando 3-0 poco después del descanso. El estallido de la Segunda Guerra Mundial suspendió la competición y el Portsmouth conservó la Copa hasta la final de 1946. El entrenador de ese equipo era Jack Tinn, que ya había llevado al club a las finales de 1929 y 1934, ambas perdidas.
El club se fundó el 5 de abril de 1898 en el número 12 de High Street, en Old Portsmouth, y su estadio, Fratton Park, se construyó en terrenos comprados ese año. El primer partido jugado allí fue un amistoso contra el Southampton en septiembre de 1898, y el club juega en el estadio desde 1899. Es uno de los pocos estadios ingleses que nunca ha sido sustituido. La grada Fratton End, reconstruida en 1997, lleva en sus asientos la imagen de Jimmy Dickinson, y el récord de asistencia, 51.385 espectadores, se logró en febrero de 1949, en un partido de FA Cup ganado por 2-1 al Derby County. El himno del club, el Chimes, fue adoptado por aficionados del desaparecido Royal Artillery y se canta desde los primeros años del club.
La etapa más exitosa llegó después de la guerra. En 1948-49, en el 50.º aniversario del club, el Portsmouth ganó su primer título de liga, con el juego de Jack Froggatt, Jimmy Scoular y Dickinson como eje. Conservó el campeonato en 1949-50, superando al Wolves por el promedio de goles, y es uno de los pocos clubes que ganaron la liga inglesa dos veces seguidas en aquellos años. Dickinson, que pasó toda su carrera en Fratton Park, disputó 764 partidos de liga con el club y 48 con la selección de Inglaterra, lo que lo convierte en la figura definitiva. El Portsmouth descendió en 1959 y llegó a caer hasta la tercera división, por lo que los años de los títulos quedan aparte.
La segunda etapa de éxitos llegó después de 2002, cuando el club ganó la segunda división y volvió a la Premier League con Harry Redknapp. En 2007-08 el equipo, que incluía a Sol Campbell, Sulley Muntari, Niko Kranjčar y Nwankwo Kanu, terminó octavo en la liga. De camino a la final de la FA Cup ganó en Old Trafford al Manchester United, y en la final de Wembley un solo gol de Kanu venció al Cardiff City por 1-0, con Campbell como capitán. Fue la segunda FA Cup del club, 69 años después de la primera.
Ese triunfo trajo el fútbol europeo. En la Copa de la UEFA 2008-09, el Portsmouth empató 2-2 con el AC Milan en un grupo que incluía también al Braga, al Wolfsburgo y al Heerenveen, pero las derrotas en Braga y en Wolfsburgo acabaron con las esperanzas de avanzar. El club llegó de nuevo a la final de la FA Cup en 2010, perdiendo ante el Chelsea, pero ya había entrado en una grave crisis financiera, que condujo a la administración judicial en 2010 y de nuevo en 2012, y a varios descensos.
El club sobrevivió y la recuperación ha sido gradual. El Portsmouth ganó la League Two en 2016-17 y el EFL Trophy en 2018-19, y en 2024-25 terminó decimosexto en la Championship. El club viste de azul y su apodo, Pompey, se usa tanto para el club como para la ciudad. Para los aficionados, la combinación de dos títulos de liga, siete años con la FA Cup y un estadio que nunca se ha movido da al Portsmouth un lugar en el fútbol inglés desproporcionado respecto a su tamaño.