En septiembre de 1993, pocos meses después de ganar el campeonato suizo, el FC Aarau se enfrentó al AC Milan en la primera ronda de la Liga de Campeones. El campeón de Suiza perdió 1-0 en casa y empató 0-0 a domicilio, quedando eliminado con un gol de desventaja en el global. Para un club de una ciudad de tamaño modesto, fue la cumbre de una década en la que el Aarau, bajo el entrenador Rolf Fringer, ganó su tercer y último título de liga, tras los de 1912 y 1914.
El club fue fundado el 26 de mayo de 1902 por trabajadores de una cervecería local, en Aarau, capital del cantón de Argovia. Sus primeros éxitos fueron rápidos: el Aarau fue campeón de Suiza en 1912 y de nuevo en 1914. Después pasaron casi ocho décadas hasta el tercer título. Mientras tanto, el club se hizo conocido por su estadio, el Brügglifeld, donde juega desde 1924. El recinto celebró su centenario el 12 de octubre de 2024 con un partido contra el Schalke 04, y ha cambiado poco con los años, salvo la tribuna principal, que data de 1982. Tiene capacidad para unos 8.000 espectadores, y un partido de copa contra el Luzern reunió a 8.450 personas con entradas agotadas, una asistencia considerada grande para el estadio.
Los años ochenta trajeron el otro gran trofeo. En 1985, bajo el entrenador Ottmar Hitzfeld, el Aarau ganó la Copa de Suiza, que sigue siendo su única victoria en la competición. El club había sido finalista en 1930 y volvió a serlo en 1989. El triunfo copero le dio un lugar en la Recopa de Europa 1985-86, donde perdió la primera ronda ante el Estrella Roja por 2-4 en el global, con una derrota por 0-2 a domicilio y un empate 2-2 en casa. En 1988-89 el club jugó la primera ronda de la Copa de la UEFA, y en 1994 superó una ronda previa contra el Mura esloveno, ganando los dos partidos por 1-0.
Desde 1981 hasta 2010 el club fue miembro ininterrumpido de la máxima categoría suiza, tan persistente que los aficionados lo llamaban el club que no desciende. Esa racha terminó con el descenso de 2010. El Aarau regresó a la Super League en 2013, pero volvió a bajar en 2015, y desde entonces los intentos de regresar han fracasado con frecuencia, una vez en un dramático play-off de descenso contra el Xamax. En lugar del antiguo apodo, los aficionados han empezado a hablar de un club que no asciende, aunque el estadio sigue llenándose en los partidos importantes, y en 2025-26 el equipo terminó segundo en la Challenge League.
La identidad actual del club, que viste de rojo y blanco, se apoya en este contraste. El palmarés del Aarau es modesto en número, tres campeonatos y una copa, pero abarca más de un siglo, y la temporada de 1993, cuando un club de una ciudad pequeña llegó a la Liga de Campeones, sigue definiendo cómo ven los aficionados al equipo. En 1985 y en 1993 el club estuvo dirigido por dos entrenadores, Hitzfeld y Fringer, que después serían más conocidos en otros lugares, y el recuerdo de esos años es uno de los principales activos del club. El Brügglifeld, un recinto sencillo y anticuado, sigue siendo para muchos aficionados suizos un lugar que evoca otra época del fútbol.