Levadia TallinnFCI Levadia Tallinn powstał w 1998 roku w Maardu, a jego historia jest związana z klubem FK Olümp Maardu. Po przejęciu zespołu przez przedsiębiorstwo Levadia drużyna została przemianowana na Maardu FC Levadia. Jesienią 1998 roku klub awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej, a już w następnym sezonie osiągnął jeden z najważniejszych sukcesów w swojej krótkiej historii. W 1999 roku Levadia zdobyła mistrzostwo Estonii, a także Puchar Estonii. Rok później obroniła tytuł mistrzowski, w obu pierwszych sezonach w najwyższej klasie rozgrywkowej kończąc ligę bez porażki.
Początki Levadia były związane z Maardu, ale klub stosunkowo szybko przeniósł swoją działalność do Tallinna. W 2004 roku pierwsza drużyna została formalnie związana ze stolicą Estonii, a klub rozpoczął długą obecność w krajowej czołówce. Istotną postacią w historii organizacji pozostaje Viktor Levada, którego nazwisko stało się częścią tożsamości klubu. W 2017 roku Levadia połączyła się z FCI Tallinn, wcześniej znanym jako FC Infonet. Od 2018 roku zespół występuje pod nazwą FCI Levadia.
Największą siłę klub przez lata pokazywał w rozgrywkach krajowych. Levadia wielokrotnie zdobywała mistrzostwo Estonii i Puchar Estonii, stając się jednym z dwóch najważniejszych klubów estońskiej piłki po odzyskaniu przez kraj niepodległości. Szczególnie udany był początek XXI wieku, gdy zespół regularnie zdobywał trofea. W 2004 roku pod wodzą Tarmo Rüütliego Levadia sięgnęła po mistrzostwo i Puchar Estonii. W 2009 roku zdobyła natomiast swoje siódme mistrzostwo kraju i czwarty tytuł z rzędu.
Historia Levadia jest również mocno związana z europejskimi eliminacjami. W 2007 roku klub był bliski wyeliminowania Crvenej zvezdy Belgrad. Po porażce 0:1 w Serbii estoński zespół wygrał rewanż 2:1, lecz odpadł z powodu obowiązującej wówczas zasady goli zdobytych na wyjeździe. Jedną z bramek zdobył Konstantin Nahk, który trafił z dużej odległości. Był to jeden z najbardziej pamiętnych europejskich dwumeczów w historii klubu.
Jeszcze większą niespodziankę Levadia sprawiła w kwalifikacjach Ligi Mistrzów w 2009 roku. Estończycy wyeliminowali Wisłę Kraków. W pierwszym spotkaniu w Krakowie padł remis 1:1, a w rewanżu w Tallinnie Levadia wygrała dzięki późnej bramce Vladislava Ivanova. W kolejnej rundzie zespół przegrał jednak oba mecze z Debreceni VSC po 0:1. Wcześniej, w 2006 roku, Levadia rywalizowała również z Newcastle United w Pucharze UEFA, przegrywając 0:1 u siebie i 1:2 na wyjeździe.
W 2024 roku FCI Levadia pod wodzą Curro Torresa zdobyła mistrzostwo Estonii, Puchar Estonii i Superpuchar, kompletując krajową potrójną koronę. Był to jeden z najlepszych sezonów w historii klubu. W 2025 roku Levadia zakończyła rozgrywki ligowe na drugim miejscu, za Florą Tallinn.
Domowym stadionem FCI Levadia jest A. Le Coq Arena w Tallinnie, najważniejszy obiekt piłkarski Estonii. Klub zachował charakterystyczne zielono-białe barwy, które od lat są jednym z jego znaków rozpoznawczych. Levadia należy do najbardziej utytułowanych estońskich klubów ery niepodległości, a jej historia wyróżnia się zarówno sukcesami krajowymi, jak i wieloletnią obecnością w europejskich eliminacjach.
