Nõmme Kalju FC ma rodowód sięgający 1923 roku, choć klub w obecnej formie działa od 1997 roku. Oryginalny zespół powstał jako sekcja klubu sportowego Kalju z inicjatywy dwóch profesjonalnych zapaśników, Aleksandra Šneidera i Marta Liiva, i występował w najwyższej lidze Estonii już w latach 1925–1927. Działalność klubu przerwała sowiecka okupacja Estonii w 1944 roku – klubowy budynek zniszczył wówczas pierwszy sowiecki czołg, który wjechał do dzielnicy Nõmme.
Drużyna reprezentuje Nõmme, zieloną i wyróżniającą się dzielnicę Tallina, która przez lata zachowała silną lokalną tożsamość – ta więź z sąsiedztwem to jeden z najważniejszych elementów charakteru klubu. Kalju rozgrywa mecze domowe na kameralnym stadionie Hiiu, mieszczącym zaledwie kilkaset widzów, co nadaje spotkaniom zupełnie inną atmosferę niż na większych obiektach wykorzystywanych przez czołowe kluby stolicy. Symboliczne znaczenie ma także tzw. derby kolejowe (Raudteederbi) z odwiecznym rywalem, FC Florą – nazwa pochodzi od faktu, że stacje kolejowe położone najbliżej stadionów obu klubów, Kitseküla i Hiiu, dzieli zaledwie pół kilometra.
Największe sukcesy sportowe przyszły po ponownym założeniu klubu przez byłego selekcjonera reprezentacji Estonii Uno Piira wraz z Antonem Sihtem i Värnerem Lootsmannem. Po awansie do najwyższej ligi w 2008 roku i przejęciu klubu przez obecnego prezesa Kuno Tehvę, Nõmme Kalju sięgnął po mistrzostwo Estonii w 2012 roku, powtarzając ten sukces w 2018 roku. W dorobku klubu są też dwa triumfy w Pucharze Estonii (2014/2015 i 2024/2025) oraz dwa Superpuchary kraju (2019 i 2026). Drużyna, znana kibicom jako Roosad Pantrid (Różowe Pantery) ze względu na charakterystyczne czarno-różowe barwy, ugruntowała swoją pozycję jako istotna alternatywa dla tradycyjnej rywalizacji Flory i Levadii w estońskim futbolu, a w europejskich pucharach zapisała się m.in. eliminacyjnym zwycięstwem nad fińskim HJK Helsinki w drodze do Ligi Mistrzów 2013/2014.