FC Augsburg został założony 8 sierpnia 1907 roku jako Fußball-Klub Alemannia Augsburg. Przez większość swojej ponad stuletniej historii klub funkcjonował w cieniu niemieckiej piłki, kilkukrotnie zmieniając nazwę i przechodząc trudny okres na przełomie XX i XXI wieku, gdy z powodu problemów finansowych spadł nawet do czwartej ligi. Obecny kształt klub przyjął w 1969 roku, gdy doszło do fuzji z drugim ważnym zespołem miasta, TSV Schwaben Augsburg, w wyniku której narodził się FC Augsburg.
Prawdziwy przełom w historii klubu nastąpił 8 maja 2011 roku, gdy dzięki zwycięskiemu golowi Stephana Haina w 85. minucie meczu z FSV Frankfurt Augsburg zapewnił sobie awans do Bundesligi po raz pierwszy w swojej historii. Od tamtej pory klub nieprzerwanie występuje w najwyższej klasie rozgrywkowej, co samo w sobie stanowi jedno z największych osiągnięć w dziejach zespołu, zważywszy na znacznie skromniejsze zasoby finansowe w porównaniu z czołowymi klubami niemieckiej ligi.
Najbardziej pamiętny sezon w historii klubu przypadł na rozgrywki 2015/2016, gdy Augsburg zajął rekordowe piąte miejsce w tabeli Bundesligi, zapewniając sobie tym samym historyczny debiut w europejskich pucharach. W fazie grupowej Ligi Europy zespół zanotował m.in. zwycięstwo w Belgradzie, dzięki któremu awansował do fazy pucharowej, gdzie w 1/16 finału trafił na Liverpool FC i odpadł po zaledwie jednobramkowej porażce w dwumeczu (0:1).
Jako największy klub piłkarski regionu Szwabii, Augsburg reprezentuje Bawarię na piłkarskiej mapie Niemiec obok znacznie potężniejszego finansowo Bayernu Monachium, z którym rywalizuje w ramach bawarskich derbów. Drużyna, nazywana Fuggerstädter od nazwiska słynnego augsburskiego rodu bankierów Fuggerów, rozgrywa swoje mecze domowe na stadionie WWK Arena, użytkowanym przez klub od 2009 roku.