«Миллуолл» — клуб, название которого пережило место, от которого оно произошло. Команда была основана в 1885 году как «Миллуолл Роверс» рабочими консервной фабрики Дж. Т. Мортона в районе Миллуолл на острове Догс в восточном Лондоне и сыграла свой первый матч 3 октября 1885 года. Фирма Мортона открыла первое английское предприятие в Миллуоллских доках в 1872 году и привлекала работников со всей страны, особенно с восточного побережья Шотландии, прежде всего из Данди. В 1910 году клуб покинул остров Догс и переехал в Нью-Кросс, к югу от Темзы, но сохранил название.
В первые десятилетия «Миллуолл», выступавший как «Миллуолл Атлетик», выиграл первый розыгрыш Южной лиги в 1895 году и дважды, в 1900 и 1903 годах, доходил до полуфинала Кубка Англии. В 1920 году клуб вошёл в Футбольную лигу, в сезоне 1927/28 выиграл третий дивизион при посещаемости более 40 тысяч зрителей, а в 1937 году снова сыграл в полуфинале Кубка Англии. В 1988–1990 годах он выступал в высшем дивизионе, но чемпионом Англии не становился и европейских трофеев не завоёвывал.
История клуба отмечена его стадионами. «Ден», нынешняя арена, — шестой стадион «Миллуолла» после «Гленгол-роуд», «Лорд Нельсон», «Атлетик Граундс», «Норт-Гринвич» и «Олд Ден». «Олд Ден», открытый 22 октября 1910 года и стоивший около 10 тысяч фунтов, служил домом команды 83 года. Последний матч там сыграли 8 мая 1993 года. Всего в четверти мили, в Бермондси, 4 августа 1993 года открыли новый стадион, поначалу называвшийся «Нью Ден», а теперь просто «Ден». Его открыл лидер оппозиции Джон Смит, а в товарищеском матче по случаю открытия «Спортинг» Лиссабон выиграл 2:1. Это был первый стадион, построенный для профессионального клуба Лондона с 1937 года. Арена вмещает около 20 тысяч зрителей, а команда играет в синей форме и известна как «Львы».
Самая известная глава новейшей истории пришлась на 2004 год. «Миллуолл» под руководством играющего тренера Деннис Уайз дошёл до финала Кубка Англии. В полуфинале против «Сандерленда» решающий гол забил австралиец Тим Кэхилл. В финале в Кардиффе «Манчестер Юнайтед» выиграл 3:0, но «Миллуолл» стал первым с 1982 года финалистом, не игравшим в высшем дивизионе. Поскольку «Юнайтед» уже обеспечил себе место в Лиге чемпионов, путёвка в Кубок УЕФА досталась «Миллуоллу». В сезоне 2004/05 клуб впервые и пока единственный раз сыграл в еврокубках, выбыв в первом раунде от «Ференцвароша» после ответного матча в Будапеште.
Кроме этого исключения, положение «Миллуолла» складывалось в менее заметных эпизодах. В 1983 году клуб выиграл Кубок группы Футбольной лиги, а в 2010 и 2017 годах побеждал в финалах плей-офф. Большую часть истории он провёл вне элиты, а в последние годы выступает во втором дивизионе, сохраняя очень преданную болельщицкую базу. В «Миллуолле» чувство принадлежности к клубу и к сообществу, из которого он вырос, на протяжении поколений значит не меньше, чем трофеи. Именно привязанность к рабочему району, где был основан клуб, остаётся главным элементом его идентичности.