El FC Viktoria Plzeň es un club cuya historia se cuenta mejor a través de sus nombres. Se fundó el 11 de junio de 1911 como SK Viktoria Plzeň por iniciativa de un funcionario ferroviario, Jaroslav Ausobský. Su primer partido, disputado en agosto de ese año con camiseta roja y pantalón azul oscuro, terminó con derrota por 7-3 ante el Olympia Plzeň. El rojo y el azul siguen siendo los colores del club. Durante el siglo XX el equipo jugó con nombres que reflejaban la historia industrial de la ciudad: Sokol Škoda Plzeň (1949), Sokol ZVIL Plzeň (1952, por las Fábricas Lenin), Spartak Plzeň (1953) y TJ Škoda Plzeň (1965). Recuperó su nombre histórico a principios de los años noventa.
Durante sus primeros 18 años el club fue amateur, y en 1929 decidió hacerse profesional. En las temporadas siguientes logró su primer ascenso a la máxima categoría. En 1934/35 acabó cuarto, lo que le dio acceso a la Copa Mitropa de 1935, entonces la competición europea de clubes más importante. Frente a la Juventus, el Viktoria empató 3-3 en casa y perdió 5-1 en Turín. Más tarde el club subió y bajó de categoría en varias ocasiones, y entre 1972 y 1980, como Škoda Plzeň, pasó ocho temporadas seguidas en primera. Antes, en 1971, había ganado la sección checa de la Copa de Checoslovaquia y perdió la final nacional ante el Spartak Trnava por 7-2 en el global. Como el Trnava también ganó la liga, el Plzeň disputó la Recopa de Europa 1971/72, donde cayó en la primera ronda ante el Bayern de Múnich (7-2 global).
Un nuevo capítulo se abrió en el siglo XXI. En 2005 inversores locales adquirieron el 100% del club y la empresa Škoda volvió a vincularse a él. Pavel Vrba fue entrenador entre 2008 y 2013 y de nuevo entre 2017 y 2019. El 18 de mayo de 2010 el Viktoria ganó la final de la Copa checa por 2-1 al Jablonec, su primer título importante, y en 2010/11 conquistó su primer campeonato nacional con 69 puntos frente a los 68 del Sparta de Praga. Siguieron nuevos títulos en 2012/13, 2014/15, 2015/16, 2017/18 y 2021/22, seis en total, además de dos Supercopas checas (2011 y 2015). El club celebró su centenario el 11 de junio de 2011 en el patio de la cervecería Pilsner Urquell, y en la votación del aniversario de enero de 2012 Pavel Horváth fue elegido el mejor jugador de su historia.
En Europa, el club debutó en la fase de grupos de la Liga de Campeones en 2011/12 tras eliminar al FC Copenhague (5-2 global); le tocaron el Barcelona y el Milan. La Liga Europa 2012/13 fue especialmente memorable: el Viktoria ganó su grupo por delante del vigente campeón, el Atlético de Madrid, y en dieciseisavos venció al Nápoles por 3-0 a domicilio y 2-0 en casa. Fue eliminado en octavos por el Fenerbahçe. El club también alcanzó la fase de grupos de la Liga de Campeones en 2013/14, en 2018/19 (con el Real Madrid, la Roma y el CSKA de Moscú) y en 2022/23, cuando compartió grupo con el Bayern de Múnich, el Barcelona y el Inter.
La trayectoria reciente más celebrada llegó en la Liga Conferencia de la UEFA 2023/24. El Viktoria se convirtió en el primer equipo checo en competición europea en ganar los seis partidos de la fase de grupos, concediendo un solo gol, ante el Dinamo de Zagreb, el FC Astana y el FC Ballkani. En octavos eliminó al Servette suizo y en cuartos cayó ante la Fiorentina tras la prórroga. Los aficionados llaman cariñosamente al club "Viktorka".
El equipo juega como local en el Stadion města Plzně (el estadio de la ciudad), reformado en 2011 y con capacidad para unos 11.700 espectadores. En 2017 se instalaron allí banquillos con forma de lata de cerveza, en homenaje a la tradición cervecera de la ciudad. Petr Čech, que empezó a jugar a los siete años, y Pavel Nedvěd, Balón de Oro en 2003, se formaron en las categorías inferiores del club (entonces Škoda Plzeň). El jugador con más partidos en la historia del club es David Limberský (393) y el máximo goleador es Daniel Kolář (66 goles).