El NK Celje se fundó el 28 de diciembre de 1919 como SK Celje, y su primer campo se habilitó junto a la calle Ljubljanska, en el lugar conocido como Glazija. Tras la Segunda Guerra Mundial el club funcionó como Kladivar, y su primer gran éxito llegó en 1963-64, cuando ganó la Liga y la Copa de la República de Eslovenia y después se clasificó para la Segunda Liga yugoslava. Tras la independencia eslovena, el club adoptó en 1992 el nombre patrocinado de Publikum, y en febrero de 2007 recuperó el nombre de Celje. Junto con el Maribor, es el único equipo que ha participado en todas las temporadas de la PrvaLiga desde 1991.
El apodo Grofje («Los Condes») alude a los condes medievales de Celje, una de las familias nobles más poderosas de la región, mientras que el segundo apodo, Rumeno-modri, se refiere a los colores amarillo y azul. Durante décadas el club fue un equipo sólido de mitad de tabla con frecuentes apariciones en finales de copa. Debutó en Europa en 1993-94 tras perder la final de la copa nacional ante el Olimpija, y en 2002-03 terminó segundo en la liga por detrás del Maribor. Su primer título en la Eslovenia independiente, la Copa de Eslovenia, llegó en 2005 con una victoria por 1-0 sobre el Gorica. En los años siguientes perdió varias finales, entre ellas las de 2006, 2012, 2013, 2015, 2016 y 2021, y en 2015 un equipo joven terminó segundo en la liga con 70 puntos.
El punto de inflexión llegó en 2019-20. El Celje aseguró su primer título liguero en la última jornada, con un empate 2-2 ante el Olimpija de Liubliana, poco después del centenario del club. El segundo título, en 2023-24, se selló con una victoria por 1-0 ante el mismo rival a tres jornadas del final, y el tercero, en 2025-26, se aseguró el 19 de abril de 2026 con un 0-2 a domicilio ante el Mura. Entre los títulos de liga, el club ganó su segunda Copa de Eslovenia en 2025, al derrotar al Koper por 4-0 en la final. Dos entrenadores marcaron esta etapa: Albert Riera, que dirigió al equipo en 2023 y de nuevo de 2024 a 2026, y Damir Krznar, con quien el club ganó el título de 2024.
El mayor logro europeo del club sigue siendo la primavera de 2025, cuando el Celje se convirtió en el primer club esloveno en alcanzar los cuartos de final de una competición principal de la UEFA, la Conference League. El camino hasta allí incluyó una de las eliminatorias más dramáticas de la historia del club, frente al Lugano: el Celje ganó la ida por 1-0, perdió la vuelta por 5-4 tras la prórroga y se clasificó por 3-1 en la tanda de penaltis tras un global de 5-5. En cuartos de final el rival fue la Fiorentina. La ida en Celje terminó con derrota por 1-2 ante una entrada récord para el club de 12.512 espectadores, y en la vuelta en Florencia los eslovenos empataron 2-2 tras haber ido por delante 2-1 en la segunda parte. La Fiorentina pasó con un global de 4-3. Fue además la primera participación del club en la fase de liga de una competición europea, que concluyó en el puesto 21 entre 36 equipos. Como campeón nacional, el Celje alcanzó por primera vez en 2026 la ronda de play-off de la Champions League, donde fue eliminado por el Slovan Bratislava (2-3 en el global), y después disputó por primera vez la fase de liga de la Europa League.
La identidad del club la definen también las personas que lo han construido. Sebastjan Gobec ostenta el récord de partidos de liga, tanto del club como de toda la PrvaLiga (488), Simon Sešlar disputó 332 encuentros ligueros, y Andrej Goršek es el máximo goleador liguero del club desde 1991, con 67 goles. En 2014, Benjamin Verbič marcó a los 11 segundos de un partido contra el Zavrč, entonces el gol más rápido de la historia de la PrvaLiga. Desde 2003 el club juega en un estadio construido en un antiguo pozo de arcilla, en el este de la ciudad, después de que los campos anteriores, entre ellos el Skalna klet, dejaran de cumplir los requisitos de la UEFA. Tras la ampliación concluida en 2008, tiene capacidad para 13.059 espectadores y, desde 2017, se llama Stadion Z'dežele. Los partidos contra el Maribor se conocen como el derbi de Estiria, y el club cuenta con el apoyo del grupo de aficionados Celjski Grofje 1992. El equipo está dirigido actualmente por Zoran Zeljković.