Inter Club d'Escaldes, założony w 1991 roku w Escaldes-Engordany i będący jednym z klubów-założycieli andorskiej Primera Divisió w 1995 roku, przez blisko trzy dekady pozostawał w cieniu bardziej utytułowanych rywali. W sezonach 1999/2000 i 2000/2001 zajmował trzecie miejsce w lidze, a w 2002 roku dotarł do finału Copa Constitució, przegrywając 0:2 z FC Lusitanos. W kwietniu 2015 roku klub spadł z najwyższej klasy rozgrywkowej, lecz już dwa lata później, w maju 2017 roku, wrócił do elity.
Prawdziwy przełom nastąpił w sezonie 2019/2020, niemal trzydzieści lat po założeniu klubu – Inter zdobył swój pierwszy tytuł mistrza kraju oraz pierwszy Puchar Konstytucji. Od tego momentu drużyna prowadzona przez trenera Felipa Ortiza zdominowała andorski futbol, dokładając kolejne mistrzostwa w sezonach 2020/2021, 2021/2022, 2024/2025 i 2025/2026, co dało łącznie pięć tytułów ligowych.
Od debiutu w europejskich pucharach w sezonie 2020/2021 klub regularnie startuje w eliminacjach Ligi Mistrzów, Ligi Europy i Ligi Konferencji. Na tej drodze odnotował szereg głośnych zwycięstw nad drużynami z innych krajów, w tym z Hibernian FC (2:1 w 2023 roku), bośniackim FK Velež Mostar (5:1 w 2024 roku) oraz rumuńskim FCSB (2:1 w 2025 roku). Kulminacją europejskiej przygody klubu stał się sezon 2025/2026, gdy po wyeliminowaniu estońskiego Flora Tallinn (6:0 w dwumeczu) i kosowskiej Drity (4:2 w rzutach karnych po dwumeczu zakończonym 2:2) Inter jako pierwszy klub w historii Andory awansował do fazy ligowej europejskich pucharów klubowych – w tym przypadku Ligi Konferencji.
Drużyna, znana jako Niebiesko-czarni, do 2019 roku nosiła w herbie inicjały głównego sponsora, firmy budowlanej Construccions Modernes. Swoje mecze domowe rozgrywa na obiektach Andorskiej Federacji Piłkarskiej w Andorze la Vella oraz Encamp. Klubem kieruje obecnie prezes Pablo Gómez.