Pisa Sporting Club został założony w 1909 roku w Pizie, w sercu Toskanii, i od początku grał w czarno-niebieskich barwach, od których wzięło się przezwisko „I Nerazzurri”. Już po jedenastu latach istnienia klub dotarł do finału mistrzostw Włoch 1921, w którym uległ Pro Vercelli. Wicemistrzostwo z początków włoskiej piłki pozostaje jednym z najstarszych wspomnień w kronice klubu, jednak potem Pisa przez wiele dekad szukała swojego miejsca w hierarchii. Wiele lat spędził w Serie B i Serie C, a w latach siedemdziesiątych grał głównie na trzecim poziomie rozgrywek.
Historię klubu trudno opowiedzieć bez jednej postaci. W 1978 roku prezesem został Romeo Anconetani, charyzmatyczny i przesądny działacz urodzony w Trieście w 1922 roku, który kierował klubem do bankructwa w 1994 roku. Anconetani słynął z tego, że rzucał sól na murawę, by przynieść szczęście drużynie. W ciągu szesnastu lat swojego prezesowania zmienił 22 trenerów, co przyniosło mu przydomek „mangia-allenatori”, czyli pożeracza trenerów. Jego rządy zbiegły się z najlepszym okresem w dziejach klubu: Pisa wróciła do Serie B w 1979 roku, a w 1982 roku awansowała do Serie A, w której spędziła sześć z dziewięciu kolejnych sezonów.
To właśnie lata osiemdziesiąte przyniosły największe sukcesy. Pisa wygrała Serie B w 1985 i 1987 roku, a w Europie sięgnęła po Puchar Mitropa, dawne rozgrywki Europy Środkowej. Zdobyła go dwukrotnie, w 1986 i 1988 roku, pokonując w obu finałach rywali z Węgier. W 1991 roku klub dotarł do kolejnego finału tych rozgrywek, ale go przegrał. W sezonie 1987/88 w Pizie występował Brazylijczyk Dunga, późniejszy kapitan reprezentacji Brazylii, która w 1994 roku zdobyła mistrzostwo świata. Dla niego Pisa była pierwszym przystankiem w Europie. Po sezonie 1990/91 klub spadł z Serie A.
Kolejne lata były pełne niepewności. Po bankructwie w 1994 roku klub odrodził się jako Pisa Calcio i zaczął od Eccellenzy, szóstego poziomu włoskich rozgrywek. W 2008 roku w dwumeczu o awans do Serie A uległ Lecce. Rok później znów wykluczono go z rozgrywek z powodu długów, a latem 2009 roku wskrzeszono go jako AC Pisa 1909. Do Serie B klub wrócił w 2019 roku, a w 2021 roku przyjął z powrotem nazwę Pisa Sporting Club. W tym samym okresie właścicielem został Alexander Knaster.
Teraźniejszość klubu to kolejny rozdział w tej serii powrotów. W 2025 roku Pisa awansowała do Serie A po raz pierwszy od sezonu 1990/91, po 34 latach przerwy. Sezon 2025/26 zakończyła jednak na ostatnim miejscu i spadła, co tylko potwierdziło, że jej dzieje to nieustanna huśtawka między elitą a niższymi ligami. Dla kibiców pozostaje to jednak powód do dumy, bo klub, który dwukrotnie upadał, zawsze potrafił się odrodzić. Jego lokalnym rywalem jest toskański Livorno, z którym mecze wywołują szczególne emocje w całym regionie.
Domem klubu jest Arena Garibaldi, położona w centrum miasta i otwarta w 1919 roku. Od 2001 roku nosi też imię Romeo Anconetaniego, upamiętniając prezesa, który wprowadził klub do Serie A. Stadion jest dla pizańskich kibiców czymś więcej niż obiektem sportowym: to miejsce, gdzie dawni bohaterowie, sól Anconetaniego i europejskie puchary tworzą jedną opowieść o klubie, który zawsze wracał.