CD Nacional to klub piłkarski założony 8 grudnia 1910 roku w Funchal na Maderze, którego historia na trwałe splotła się z losami jednego z najwybitniejszych piłkarzy w dziejach futbolu. Młody Cristiano Ronaldo trafił do Nacional po tym, jak opuścił lokalnego rywala, CS Marítimo, i spędził w klubie kilka lat jako junior, zanim w wieku zaledwie dwunastu lat, za sumę 1500 funtów, przeniósł się do Sportingu Lizbona, rozpoczynając drogę na szczyt światowej piłki. Na pamiątkę tych związków klubowa akademia młodzieżowa nosi dziś nazwę Cristiano Ronaldo Campus Futebol.
Przez większą część swojej historii Nacional dzielił obiekt Estádio dos Barreiros z dwoma pozostałymi klubami wyspy – Marítimo oraz União da Madeira. Sytuacja zmieniła się dzięki wieloletniemu prezesowi Rui Alvesowi, z którego inicjatywy w 1998 roku otwarto nowy stadion klubowy w górzystej dzielnicy Choupana, wysoko ponad Funchal. Obiekt gruntownie rozbudowano w 2007 roku, a środki na inwestycję pochodziły częściowo z transferu, który wyniósł Ronaldo do Lizbony.
Najbardziej udany okres w historii klubu przypadł na przełom pierwszej i drugiej dekady XXI wieku. Nacional pięciokrotnie zakwalifikował się do rozgrywek europejskich, a swój największy sukces odniósł w sezonie 2009/2010, gdy na własnym, dopiero co rozbudowanym stadionie podejmował w fazie grupowej Ligi Europy takie zespoły jak Athletic Bilbao, Werder Brema czy Austrię Wiedeń. Klub trzykrotnie docierał również do półfinału Pucharu Portugalii.
Drużyna, znana pod przydomkiem Alvinegros (Biało-Czarni) od barw swoich koszulek w pionowe pasy, pozostaje najbardziej utytułowanym klubem Madery pod względem obecności w europejskich pucharach, a rywalizacja z CS Marítimo, znana jako Derby Madery, od dekad elektryzuje kibiców całej wyspy.