FK Vojvodina została założona 6 marca 1914 roku w Nowym Sadzie przez grupę uczniów serbskiego gimnazjum prawosławnego, przy wsparciu miejscowych intelektualistów i rzemieślników, w tkalni Savy Šijakova. Pierwszy mecz rozegrano we wsi Kovilj z miejscowym klubem Šajkaš i zakończył się on wygraną nowicjuszy 5:0. Piłkarze wystąpili wówczas w jasnoniebieskich koszulkach. Nazwa oznacza wojwodztwo, region, którego największym miastem jest Nowy Sad, a kibice nazywają klub „Vošą”.
W okresie międzywojennym Vojvodina budowała swoją renomę lokalnie. Pod wodzą pierwszego trenera i dyrektora technicznego, prawnika Kosty Hadžiego, w 1926 roku wygrała ligę podokręgu nowosadzkiego, co było jej pierwszym trofeum w historii, a o regionalny tytuł regularnie rywalizowała z NAK Novi Sad. Prawdziwy sukces w skali kraju przyszedł po II wojnie światowej. W 1966 roku Vojvodina po raz pierwszy wygrała ligę jugosłowiańską, jako trzeci klub serbski, a drugi tytuł dołożyła w 1989 roku. Pomiędzy nimi leży najlepszy występ klubu w Pucharze Europy, w sezonie 1966/67, gdy dotarł do ćwierćfinału i przegrał nieznacznie z późniejszym zwycięzcą, Celtikiem. Vojvodina wygrała też Puchar Mitropa w 1977 roku pod wodzą Todora Veselinovicia, a w 1957 roku była w tych rozgrywkach finalistą.
Najbardziej pamiętny europejski wieczór czasów nowożytnych przypadł na 1998 rok, w Pucharze Intertoto. W półfinale przeciwko Bastii Vojvodina przegrała pierwszy mecz na wyjeździe 0:2, a w rewanżu w Nowym Sadzie 5 sierpnia wygrała 4:0, awansując z wynikiem 4:2 w dwumeczu. W finale trafiła na Werder Brema, który wygrał pierwszy mecz 1:0 i zremisował 1:1 w Nowym Sadzie, więc niemiecka drużyna zdobyła trofeum z wynikiem 2:1 w dwumeczu. Jest to do dziś najbliższe europejskiemu trofeum, jakie klub miał od lat siedemdziesiątych.
W epoce serbskiej Vojvodina jest klubem niewykorzystanych szans w rozgrywkach pucharowych. W latach 1993–1997 pięć razy z rzędu zajęła trzecie miejsce w lidze krajowej, a w 1997 roku przegrała finał pucharu z Crveną Zvezdą. W latach 2007–2013 czterokrotnie docierała do finału Pucharu Serbii i wszystkie przegrała, aż wreszcie w sezonie 2013/14 zdobyła to trofeum. Wygrała je ponownie w 2019/20, co daje klubowi dwa Puchary Serbii. W sezonie 1997/98 wystąpiła także w Pucharze UEFA, w którym odpadła z Vikingiem po rzutach karnych po remisie 2:2 w dwumeczu.
Klub od dawna słynie z wychowywania zawodników. Dušan Tadić, wychowanek Vojvodiny, zadebiutował w pierwszej drużynie w 2006 roku w wieku 17 lat i strzelił dla niej 29 goli w 107 meczach ligowych, zanim w 2010 roku przeszedł do Groningen. Później został kapitanem reprezentacji Serbii i gwiazdą futbolu holenderskiego oraz angielskiego. Do innych wybitnych zawodników w historii klubu należą Vujadin Boškov, Slaviša Jokanović i Miloš Krasić.
Vojvodina gra na Stadionie Karađorđe od 1928 roku. Obiekt długo nazywano Stadionem Miejskim, a w 2007 roku, na prośbę kibiców klubu, nadano mu imię Karadziordzia Petrovicia, przywódcy pierwszego powstania serbskiego z początku XIX wieku. Klub gra w czerwono-białych barwach, a sezon 2025/26 zakończył jako wicemistrz zarówno ligi, jak i Pucharu Serbii. Ten sezon po raz kolejny pokazał, że Vojvodina jest blisko szczytu serbskiego futbolu, ale wciąż szuka sposobu, by zamienić tę bliskość w trofea.