У цветов РСК «Андерлехт» необычное происхождение. Фиолетовый и белый дали клубу прозвище «Парс-вит» («Мов э Блан»), а по одной из версий они пошли от праздника цветов в коммуне Андерлехт, на котором будущая королева Елизавета ехала в карете, украшенной фиолетовыми и белыми орхидеями. Фиолетовый — также цвет бельгийской монархии. Клуб основан 27 мая 1908 года в кафе «Конкордия» на улице Рю д'Омаль в Брюсселе дюжиной любителей футбола под названием «Спортинг Клуб Андерлехтуа» и в первом матче победил «Эколь Сен-Жорж» 11:8. В 1933 году, к 25-летию, клуб получил королевский статус, и к названию добавили слово «Ройял».
Первые годы в высшем дивизионе были бурными. Впервые «Андерлехт» пробился в него в 1921 году, но вылетал в 1923, 1926, 1928 и 1931 годах и каждый раз возвращался. Брюссельские соперники «Юнион Сен-Жилуаз» и «Дарин» насмешливо называли его «клубом-лифтом». С сезона 1935/36 клуб без перерыва играет в элите. С 1917 года его домом остаётся парк Астрид, где построили стадион «Эмиль Версе» в честь первого крупного мецената клуба, промышленника Эмиля Версе. В 1983 году арену полностью перестроили и дали ей имя Констана Вандена Стока, президента клуба в 1971–1996 годах. Сегодня она вмещает 22,5 тысячи зрителей, тогда как изначально — 40 тысяч.
Первый чемпионский титул «Андерлехт» выиграл в сезоне 1946/47 благодаря голам нападающего Жефа Мерманса, купленного в 1942 году за рекордные по тем временам 125 тысяч франков. Мерманс остаётся лучшим бомбардиром в истории клуба (367 голов в 399 матчах). Следующие титулы пришли в 1949–1956 годах, а также в сезонах 1958/59 и 1961/62. В 1963/64–1967/68 годах клуб пять раз подряд становился чемпионом, и это до сих пор рекорд бельгийской лиги; команду тренировали сначала Пьер Синибальди, потом Андреас Берес. Звездой команды был Поль Ван Химст, сыгравший за клуб 457 матчей в чемпионате, забивший 233 гола и четыре раза (1960, 1961, 1965, 1974) получавший «Золотую бутсу» Бельгии.
В европейских турнирах «Андерлехт» дебютировал в первом Кубке европейских чемпионов (1955/56), уступив венгерскому «Вёрёш Лобогó». Первое противостояние клуб выиграл лишь в сезоне 1962/63, выбив «Реал Мадрид» после ничьей 3:3 в Испании и победы 1:0 дома. Главные успехи пришлись на 1970-е и 1980-е годы. В 1976 году в Брюсселе клуб обыграл «Вест Хэм Юнайтед» 4:2 в финале Кубка обладателей кубков (по два мяча забили Франсуа Ван дер Эльст и Роб Ренсенбринк), через год проиграл финал «Гамбургу» 0:2, а в 1978 году разгромил венскую «Аустрию» 4:0 в Париже. Эти победы принесли два Суперкубка Европы: в 1976 году над «Баварией» (1:2 в гостях, 4:1 дома) и в 1978 году над «Ливерпулем» (4:3 по сумме двух матчей). В 1983 году под руководством тренера Поля Ван Химста «Андерлехт» выиграл Кубок УЕФА, обыграв в финале «Бенфику» 2:1 по сумме двух матчей. Ренсенбринк считается лучшим игроком клуба XX века. Всего это пять европейских трофеев — больше, чем у любого другого бельгийского клуба. Клуб проигрывал и финалы: Кубка ярмарок (1970, «Арсеналу»), Кубка УЕФА (1984, «Тоттенхэму») и Кубка обладателей кубков (1990, «Сампдории»).
После 2000 года «Андерлехт» продолжал доминировать внутри страны: к сезону 2006/07 у него было 29 титулов, 30-й пришёл в 2009/10, 31-й — в 2011/12. В сезоне 2011/12 клуб первым среди бельгийских завершил групповой этап еврокубка с максимумом очков (в Лиге Европы). Последний, 34-й чемпионский титул клуб выиграл в сезоне 2016/17 с такими молодыми игроками, как Юри Тилеманс и Леандер Дендонкер; в том же сезоне он выбыл в четвертьфинале Лиги Европы, уступив «Манчестер Юнайтед» в дополнительное время. Академия клуба в Нееpерде воспитала, в частности, Ромелу Лукаку и Джереми Доку.
В 2018 году клуб приобрёл бизнесмен Марк Куке. Сезон 2019/20, в котором команда заняла восьмое место, прервал 55-летнюю серию выступлений в европейских турнирах. «Андерлехт» остаётся одним из трёх грандов бельгийского футбола наряду с «Брюгге» и «Стандардом», с которыми его связывают главные соперничества. Это также клуб с наибольшим числом чемпионских титулов (34) и девятью Кубками Бельгии, хотя нового титула он ждёт с 2017 года.