Nazwa APOEL to sam w sobie program: oznacza Atletyczny Klub Piłkarski Greków z Nikozji. Klub założono 8 listopada 1926 roku pod nazwą POEL, a literę A dodano później, aby uwzględnić lekką atletykę. Nigdy nie był pomyślany wyłącznie jako drużyna piłkarska, a dziś sekcja futbolowa należy do wielosekcyjnej organizacji, w której działają także koszykówka, siatkówka, futsal i inne dyscypliny. Tożsamość klubu jako instytucji greckocypryjskiej społeczności Nikozji kształtuje jego historię do dziś.
Droga do krajowej dominacji rozpoczęła się w latach 30. XX wieku. W 1932 roku Pezoporikos Larnaka zorganizował pierwsze ogólnowyspowe rozgrywki, nieoficjalną ligę, a APOEL wygrał finał z AEL Limassol 4:0. Dwa lata później klub świętował pierwszy tytuł w oficjalnych mistrzostwach. W latach 1936–1940 zdobył pięć tytułów z rzędu, rekord, który przetrwał 77 lat, aż klub wyrównał go w sezonie 2016/17. W 1948 roku wewnętrzne spory skłoniły część działaczy do odejścia i założenia Omonii Nikozja. Ten rozłam dał początek rywalizacji, która wciąż wyznacza oblicze piłki w stolicy, a derby Nikozji pozostają najważniejszym spotkaniem na wyspie.
Pod względem liczb APOEL jest najbardziej utytułowanym klubem Cypru: 29 mistrzostw (ostatnie w sezonie 2023/24), 21 pucharów i 13 superpucharów. Szczególnie owocna była dekada od początku XXI wieku: w latach 2002–2016 klub zdobył dziewięć tytułów. Ta regularność pozwoliła zbudować markę w Europie, a APOEL awansował do fazy grupowej Ligi Mistrzów w sezonach 2009/10 i 2014/15. Grał też w grupach Ligi Europy w sezonach 2013/14, 2015/16 i 2016/17. Jest jedynym cypryjskim klubem, który występował w fazie grupowej i w fazie pucharowej obu głównych rozgrywek UEFA.
Najpiękniejszy rozdział przyniosła Liga Mistrzów 2011/12. W grupie z FC Porto, Szachtarem Donieck i Zenitem Petersburg APOEL zajął pierwsze miejsce, co niewielu uznawało za możliwe. W 1/8 finału trafił na Olympique Lyon i po wyniku 1:1 w dwumeczu wygrał w rzutach karnych. Został w ten sposób pierwszym, a do dziś jedynym cypryjskim klubem w ćwierćfinale tych rozgrywek. Tam zmierzył się z Realem Madryt prowadzonym przez José Mourinho. Pierwszy mecz w Nikozji zakończył się wynikiem 0:3, a w rewanżu na Santiago Bernabéu APOEL przegrał 2:5, czyli 2:8 w dwumeczu. Rozmiar porażki nie umniejszył jednak wagi tej przygody, która pozostaje szczytem europejskich osiągnięć cypryjskiego futbolu klubowego.
Klub rozgrywa mecze na Stadionie GSP w Nikozji, największym obiekcie piłkarskim na wyspie i tradycyjnej arenie derbów stolicy. Nazwa utrzymuje się od lat, a dla kibiców jest to przede wszystkim miejsce, w którym odbywały się europejskie wieczory z Lyonem i Porto. Dziś APOEL pozostaje jednym z filarów cypryjskiej piłki, a w 2026 roku obchodzi stulecie istnienia. Dziedzictwo reprezentanta Greków z Nikozji oraz dorobek, którego nie dorównał żaden inny cypryjski zespół, nadal kształtują sposób, w jaki klub jest postrzegany w kraju i za granicą.