FC Midtjylland powstał 1 lutego 1999 roku z fuzji Ikast FS i Herning Fremad, a w europejskim futbolu zasłynął jako klub "Moneyball" – reprezentujący podejście oparte na statystykach xG i analizie danych zamiast tradycyjnego scoutingu. Filozofię tę wprowadził brytyjski biznesmen Matthew Benham, który w 2014 roku został większościowym udziałowcem klubu i pozostawał nim do 2023 roku, gdy sprzedał swoje udziały duńskiej grupie Bestseller, należącej do miliardera Andersa Holcha Povlsena; Benham nadal jest właścicielem angielskiego Brentford, gdzie stosuje podobne metody.
Już rok po przejęciu klubu przez Benhama, w sezonie 2014/2015, nowatorskie podejście przełożyło się na pierwsze w historii mistrzostwo Danii. Od tego czasu Wilki (Ulvene) zdobyły łącznie cztery tytuły mistrzowskie – w sezonach 2014/2015, 2017/2018, 2019/2020 oraz 2023/2024, ostatni z nich przypieczętowany w ostatniej kolejce rozgrywek. Klub sięgnął też po pierwszy w swojej historii Puchar Danii w 2019 roku, pokonując w finale Brøndby IF po rzutach karnych, a kolejne trofea pucharowe zdobył w 2022 i 2026 roku – to ostatnie osiągnięcie zapewniło Midtjylland awans do eliminacji Ligi Europy w sezonie 2026/2027.
Najbardziej pamiętny europejski wieczór w historii klubu przypadł na 25 lutego 2016 roku, gdy Midtjylland pokonał u siebie w Herning Manchester United 2:1 w 1/16 finału Ligi Europy. Mimo tego historycznego zwycięstwa nad angielskim gigantem, klub odpadł z rozgrywek po druzgocącej porażce 1:5 w rewanżu na Old Trafford, przegrywając dwumecz 3:6. Mimo tej porażki klub regularnie występuje w europejskich pucharach, biorąc udział m.in. w fazie grupowej Ligi Mistrzów w sezonie 2020/2021 – jako pierwszy duński zespół od dekad, który awansował do tych rozgrywek dzięki mistrzostwu kraju.
Swoje mecze domowe zespół rozgrywa na stadionie MCH Arena w Herning, a wypracowany przez klub model działania oparty na analityce danych stał się wzorem naśladowanym przez kluby w całej Europie, czyniąc niewielki klub z prowincjonalnego duńskiego miasta jednym z najbardziej rozpoznawalnych przykładów nowoczesnego zarządzania sportowego na kontynencie.