SC Paderborn 07 ma w nazwie rok 1907, ale jego historia jest znacznie bardziej złożona, niż sugeruje ta liczba. Za początek uznaje się 14 sierpnia 1907 roku, gdy grupa dwudziestu przyjaciół założyła w dzielnicy Neuhaus klub Arminia Neuhaus. Dzisiejszy Paderborn wyrósł z kilku lokalnych tradycji, a bezpośrednio z fuzji z 1985 roku, kiedy TuS Schloß Neuhaus połączył się z 1. FC Paderborn, tworząc TuS Paderborn-Neuhaus. W 1997 roku klub przyjął obecną nazwę, w której „07” odwołuje się do daty założenia Arminii. Klubowe barwy to niebieski, biały i czarny.
Nowy zespół zaczynał na trzecim poziomie rozgrywek, a poza sezonem 2000/01, spędzonym na czwartym poziomie z powodu reorganizacji lig, długo pozostawał w tej klasie. Na zaplecze Bundesligi awansował dopiero w 2005 roku, po dwudziestu latach żmudnej wspinaczki. Paderborn nie jest ponadto klasyczną piłkarską metropolią: w miejscowości, w której długo nie było wielkiej tradycji futbolowej, klub musiał zbudować zaplecze organizacyjne i kibicowskie od podstaw. Kapitan Markus Krösche wspominał później, że gdy w 2001 roku trafił do zespołu, grał na Hermann-Löns-Stadion przed zaledwie sześciuset widzami.
Przełom nastąpił w sezonie 2013/14, gdy pod wodzą André Breitenreitera Paderborn po raz pierwszy w historii wywalczył awans do Bundesligi. Decydujące zwycięstwo 2:1 z Aalen przypieczętowało ten sukces w ostatniej kolejce. Beniaminek był uznawany za jednego z głównych kandydatów do spadku, a mimo to po trzech wygranych na początku sezonu 2014/15, w tym 3:0 w Hamburgu i 2:0 z Hannoverem, został liderem tabeli po czterech kolejkach. Z tego meczu z 20 września 2014 roku zapamiętano także gola Moritza Stoppelkampa z odległości 82,3 metra, najdłuższy w historii Bundesligi, strzelony przed wypełnionymi trybunami 15 tysięcy widzów. Przygoda zakończyła się jednak spadkiem z osiemnastej pozycji, a rok później Paderborn zajął ostatnie miejsce w drugiej lidze i spadł po raz drugi z rzędu.
Kolejne lata przyniosły odbudowę. Pod kierunkiem Steffena Baumgarta klub wywalczył dwa awanse z rzędu i w 2019 roku wrócił do Bundesligi. Sezon 2019/20 skończył się jednak podobnie jak pierwszy: osiemnastą lokatą i spadkiem. Historia Paderbornu pokazuje więc klub, który wielokrotnie wracał na miejsce, gdzie nikt go nie widział, nie dysponując zasobami największych rywali, a z ambitnej, ofensywnej gry uczynił wizytówkę.
Tożsamość klubu opiera się na tym, że jego społeczność dorastała razem z nim. Ten sam obiekt, który kiedyś przyciągał kilkuset widzów, zapełniał się w latach elity do ostatniego miejsca, a kibice wytrwale towarzyszyli drużynie przez spadki i powroty. Dla wielu z nich symbolem klubu pozostaje dawna, skromna arena z liniami energetycznymi nad trybunami.
Tym symbolem jest Hermann-Löns-Stadion, otwarty w 1957 roku i użytkowany przez Paderborn do 2008 roku. Klub przeniósł się potem na nowoczesny obiekt o pojemności nieco ponad 15 tysięcy widzów, wybudowany w latach 2005–2008 kosztem około 25 milionów euro i rozbudowywany przed awansem w 2019 roku. Tak jak cały klub, stadion przeszedł drogę od skromnego boiska dzielnicy Neuhaus do areny, na której gościli Borussia Dortmund i Bayern Monachium, a sama nazwa komercyjna zmieniała się z biegiem lat. Region Paderborn, we wschodniej Nadrenii Północnej-Westfalii, dzięki temu zyskał klub, który wciąż pokazuje, że w piłce można przejść od amatorskich boisk do Bundesligi i nie zgubić własnego charakteru.