FC Nantes zapisał się w historii francuskiego futbolu jako klub, który stworzył własną filozofię gry. Klub powstał 21 kwietnia 1943 roku z połączenia pięciu miejscowych zespołów, w tym Saint-Pierre de Nantes, głównego amatorskiego klubu miasta, z jasno postawionym celem – dołączenia do krajowej elity piłkarskiej. Jean Le Guillou, jeden z założycieli i główny finansista przedsięwzięcia, pasjonat wyścigów konnych, przekazał nowo powstałemu klubowi barwy swojej stajni wyścigowej – kanarkową żółć i zieleń – które od tamtej pory towarzyszą drużynie, nazywanej popularnie Les Canaris (Kanarkami). Status zawodowy klub uzyskał w 1945 roku, po awansie do krajowych rozgrywek drugiej dywizji.
Na pierwszy awans do najwyższej francuskiej ligi Nantes musiało czekać dwadzieścia lat – udało się to dopiero w 1963 roku, pod wodzą baskijskiego trenera José Arribasa, zatrudnionego w 1960 roku, który odrzucił sztywny system taktyczny WM na rzecz ofensywnej piłki opartej na szybkości, dynamicznej wymianie podań i grze zespołowej – tak narodził się słynny jeu à la nantaise. Już w elicie klub zdobył dwa pierwsze mistrzostwa Francji z rzędu, w latach 1965 i 1966, a z czasem zbudował jedno z najbardziej imponujących osiągnięć w kraju, zdobywając łącznie osiem tytułów mistrzowskich – w latach 1965, 1966, 1973, 1977, 1980, 1983, 1995 i 2001 – a także cztery Puchary Francji i trzy Trofea Mistrzów.
W 1978 roku klub otworzył własne centrum szkoleniowe, La Jonelière, nazwane później imieniem Arribasa, z którego wyszły kolejne pokolenia utalentowanych piłkarzy, w tym mistrzowie świata z reprezentacją Francji, między innymi Didier Deschamps, a także Marcel Desailly, Claude Makelele czy Mickaël Landreau. Sześć lat później, w 1984 roku, klub przeniósł się na swój obecny stadion, Stade de la Beaujoire, jeden z najbardziej rozpoznawalnych obiektów piłkarskich zachodniej Francji. Wierny swoim żółto-zielonym barwom i tradycji stawiania na wychowanków własnej akademii zamiast kosztownych transferów, FC Nantes w ostatnich latach przechodził trudniejsze chwile, w tym spadek do Ligue 2 od sezonu 2026/27, wciąż jednak pozostając – dzięki swojej historii i stylowi gry – jednym z najbardziej szanowanych klubów francuskiej piłki.