AJ AuxerreAJ Auxerre to rzadki przykład klubu najwyższej klasy rozgrywkowej założonego przez księdza. 29 grudnia 1905 roku ksiądz Ernest Deschamps powołał Association de la Jeunesse Auxerroise, stowarzyszenie młodzieżowe, które zaczynało od gry w lidze katolickiej. Jego nazwisko nosi do dziś stadion klubu, Stade de l'Abbé-Deschamps, położony nad rzeką Yonne. Przez kolejnych siedem dekad klub powoli piął się w górę z lokalnego amatorskiego futbolu i niewielu poza Burgundią przewidziałoby, dokąd dotrze.
Człowiekiem, który zamienił tę wspinaczkę w rewolucję, był Guy Roux, trener drużyny przez ponad cztery dekady w latach 1961–2005. Pod jego wodzą Auxerre dotarło do francuskiej ekstraklasy w sezonie 1980/81 i pozostało w niej przez 32 kolejne sezony, aż do spadku w 2012 roku. Roux zbudował zespół na szkoleniu młodzieży, stabilności i bardzo ograniczonych budżetach, a klub długo był przedstawiany jako wzór małej prowincjonalnej drużyny rywalizującej z największymi markami kraju.
Pierwszym znaczącym trofeum klubu był Puchar Francji w 1994 roku, wywalczony po wygranej 3:0 z Montpellier. Dwa lata później nadszedł najlepszy sezon w historii: w 1995/96 Auxerre zdobyło swoje jedyne mistrzostwo Francji z dorobkiem 72 punktów, o cztery więcej niż trzecie Monaco, a do tego dołożyło Puchar Francji, kompletując dublet. Kolejne puchary przyszły w 2003 i 2005 roku, co dało łącznie cztery. Napastnik Stéphane Guivarc'h należał do kadry dubletu, choć w tamtym sezonie odgrywał drugoplanową rolę – strzelił trzy gole w 23 meczach ligowych – a później zdobywał bramki dla klubu w Europie.
Europejska historia Auxerre zaczęła się w sezonie 1984/85, gdy klub po raz pierwszy zagrał w Pucharze UEFA i w pierwszej rundzie trafił na Sporting. Najlepszy występ przypadł na sezon 1997/98. Po wygraniu Pucharu Intertoto w 1997 roku drużyna dotarła do ćwierćfinału Pucharu UEFA, a Guivarc'h strzelił siedem goli i został królem strzelców rozgrywek. Klub awansował też do Ligi Mistrzów po tytule z 1996 roku oraz ponownie po trzecim miejscu w sezonie 2001/02, w którym Djibril Cissé zdobył 22 gole w lidze. Drugie miejsce za Olympique Marsylia w sezonie 2009/10 dało kolejną przepustkę do tych rozgrywek.
Biało-niebiescy przeżywali chude lata po spadku w 2012 roku, ale wrócili do Ligue 1. W sezonie 2025/26 zajęli 15. miejsce wśród 18 drużyn, co przypomina, że klub wciąż żyje blisko granicy. Jego tożsamość pozostaje taka, jaką ukształtowali Deschamps i Roux: skromne miasto, cierpliwa praca i wiara w młodych piłkarzy liczyły się tu bardziej niż pieniądze.