Panathinaikos AO został założony w Atenach 3 lutego 1908 roku przez Jorgosa Kalafatisa pod pierwotną nazwą Panellinios Podosferikos Omilos Athinon. Z biegiem dekad klub stał się jednym z dwóch wielkich biegunów greckiej piłki nożnej. Reprezentuje ateńską stronę rywalizacji, która dzieli kibiców w całym kraju, a jego odwiecznym przeciwnikiem jest Olympiakos z pobliskiego Pireusu. Spotkania obu drużyn nazywane są w Grecji Derbami Wiecznych Wrogów. Tożsamość klubu opiera się na kilku trwałych symbolach, przede wszystkim na zielonych strojach i koniczynie w herbie, które przetrwały wszystkie zmiany epok i mód w futbolu.
Historycznym domem klubu jest Stadion im. Apostolosa Nikolaidisa przy alei Aleksandras, który kibice nazywają po prostu Leoforos. Przez pokolenia przetrwało imię konkretnej osoby, a nie nazwa sponsora, i to ono liczy się w tradycji klubu. W rozgrywkach krajowych Panathinaikos wywalczył 20 tytułów mistrza Grecji i 19 Pucharów Grecji, ostatni z nich w 2024 roku. Te liczby stawiają go w gronie najbardziej utytułowanych klubów w kraju. Historia, która czyni go wyjątkowym w greckim futbolu, została jednak napisana poza granicami Grecji.
Ta historia związana jest z sezonem 1970/71 w Pucharze Europy Mistrzów Krajowych. Drużynę prowadził Ferenc Puskás, wielki węgierski napastnik lat pięćdziesiątych, a jej osią był pomocnik Mimis Domazos, jeden z najbardziej cenionych greckich piłkarzy swojego pokolenia. Droga do finału nie była łatwa. W półfinale z Crveną zvezdą Belgrad Panathinaikos przegrał pierwszy mecz 1:4 w Jugosławii, a następnie wygrał 3:0 w Atenach i awansował dzięki zasadzie bramek zdobytych na wyjeździe. Finał rozegrano na stadionie Wembley 2 czerwca 1971 roku z Ajaksem Johana Cruyffa, który zwyciężył 2:0. Panathinaikos pozostaje jedynym greckim klubem, który zagrał w finale najważniejszych europejskich rozgrywek klubowych, a tamten londyński wieczór do dziś jest punktem odniesienia dla kolejnych pokoleń jego kibiców.
Europejska tradycja miała kontynuację w kolejnych dekadach. W 1985 roku klub ponownie dotarł do półfinału Pucharu Europy Mistrzów Krajowych, gdzie odpadł z Liverpoolem. W 1996 roku Panathinaikos awansował do półfinału Ligi Mistrzów, a jego rywalem ponownie był Ajax. Pierwszy mecz w Atenach zakończył się wynikiem 1:0 po bramce polskiego napastnika Krzysztofa Warzychy. W Amsterdamie Ajax wygrał jednak 3:0 i awansował dalej. Mimo to kampania z 1996 roku jest wspominana jako jedna z najlepszych europejskich przygód w historii klubu.
Warzycha, który przybył do Aten z Ruchu Chorzów w 1989 roku, został najlepszym strzelcem ligowym w historii klubu z dorobkiem 288 goli i jedną z jego najbardziej rozpoznawalnych postaci. Obok niego w pamięci klubu funkcjonuje Dimitris Saravakos, napastnik, który kształtował ofensywę Panathinaikosu w latach osiemdziesiątych i na początku dziewięćdziesiątych. Dziś klub nadal postrzega się jako historycznego chorążego ateńskiej piłki. Jego tradycja, zbudowana na zielonych barwach, wyrazistej tożsamości i pamięci o Wembley, daje o sobie znać co sezon w derbach z Olympiakosem oraz w regularnych powrotach do europejskich pucharów.