Győri ETO FC został założony w 1904 roku przez członków koła śpiewaczego i towarzyskiego zakładów Magyar Vagon- és Gépgyár w Győr. Klub nosił nazwę Egyetértés Torna Osztály, czyli „Wydział Gimnastyczny Zgoda”, od której pochodzi skrót ETO, a piłka nożna była od początku jego główną dyscypliną. Przez dekady nazwa zmieniała się wielokrotnie, m.in. na Győri Vasas ETO, Győri Vasas i Rába ETO Győr; w latach 2017–2022 w nazwie klubu pojawiał się także sponsorski człon WKW. Barwami zespołu są zieleń i biel. Przemysłowe korzenie, związane z fabryką wagonów, nadały klubowi robotniczy charakter, który do dziś stanowi ważny element jego tożsamości.
Do najwyższej klasy rozgrywkowej ETO awansowało po raz pierwszy w 1937 roku. Na pierwsze mistrzostwo Węgier trzeba było poczekać do 1963 roku, gdy zespół wyprzedził Budapeszt Honvéd lepszym stosunkiem bramek. Tytuł wyróżniał się tym, że do tej pory krajową piłkę zdominowały kluby ze stolicy, a Győr stał się jednym z najbardziej utytułowanych zespołów spoza Budapesztu. Mistrzostwo dało prawo gry w Pucharze Europy w sezonie 1964/1965, który okazał się największym sukcesem klubu na arenie międzynarodowej.
W rundzie wstępnej Győr pokonał niemiecki BSG Chemie Leipzig 6:2 w dwumeczu, następnie wyeliminował holenderskie DWS Amsterdam, a w półfinale trafił na Benfikę, w której grał Eusébio. Portugalczycy wygrali pierwszy mecz 1:0 w Budapeszcie, a rewanż 4:0 na Estádio da Luz, po czym ulegli w finale Interowi. Wynik ten pozostaje jednym z największych międzynarodowych osiągnięć w historii klubu. Z nazwą Benfiki wiąże się też inna, smutna historia: w 2004 roku w barwach tego klubu podczas meczu zmarł Miklós Fehér, piłkarz, który zaczynał karierę w Győr. Akademia ETO nosi dziś jego imię.
W latach sześćdziesiątych ETO trzykrotnie z rzędu, w 1965, 1966 i 1967 roku, zdobywało Puchar Węgier, co dawało miejsce w Pucharze Zdobywców Pucharów. W sezonie 1966/1967 zespół pokonał Fiorentinę 4:3 w dwumeczu i dotarł do ćwierćfinału. Ostatni Puchar Węgier klub wywalczył w 1979 roku. Drugi okres świetności przyszedł w latach osiemdziesiątych za sprawą trenera Józsefa Verebesa. W sezonie 1981/1982 drużyna zdobyła mistrzostwo, strzelając 102 gole i wyprzedzając Ferencváros o pięć punktów, a królem strzelców został Péter Hannich. Kolejny tytuł ETO zdobyło w sezonie 1982/1983. W Pucharze Europy 1983/1984 zespół pokonał islandzki Víkingur Reykjavík 4:1 w dwumeczu, a w poprzednim sezonie odpadł ze Standardem Liège po porażce 3:5 w dwumeczu.
Późniejsze dekady przyniosły kryzys. W 2013 roku ETO zdobyło czwarte mistrzostwo Węgier, a rok później wywalczyło wicemistrzostwo, ale w drugiej połowie lat dwutysięcznych dziesiątych klub zszedł z elity i od sezonu 2017/2018 występował na drugim poziomie. Odbudowa trwała niemal dekadę. Do najwyższej klasy ETO wróciło w 2024 roku. W sezonie 2025/2026 klub zdobył piąte w historii mistrzostwo Węgier, pierwsze od 2013 roku.
Mecze domowe drużyna rozgrywa na stadionie ETO Park, otwartym w 2008 roku w miejsce dawnego Stadionu ETO i mieszczącym około 15,6 tysiąca widzów. ETO jest też częścią szerszej sportowej rodziny: męska sekcja piłki ręcznej wygrała w 1986 roku Puchar EHF, a żeńska drużyna Győri ETO znana jest z sukcesów w Lidze Mistrzyń. Tradycja klubu opiera się więc na robotniczych korzeniach, pamięci o kampanii 1964/1965 i umiejętności odradzania się po upadku.