FC St. Gallen 1879 powstał 19 kwietnia 1879 roku, a zebranie założycielskie odbyło się w restauracji Hörnli przy Neugasse. Klub założyli młodzi przedsiębiorcy, którzy poznali futbol podczas nauki z angielskimi studentami. Jest najstarszym klubem piłkarskim w Szwajcarii i uchodzi za jeden z najstarszych w Europie kontynentalnej. Nazwę FC St. Gallen klub przyjął oficjalnie 22 czerwca 1903 roku. Pierwszym trenerem w historii był w 1912 roku Anglik Jack Reynolds, późniejszy szkoleniowiec Ajaksu. Barwy klubu są zielono-białe, a przydomek Espen (osiki) pochodzi od dawnego stadionu Espenmoos.
Pierwszy tytuł mistrza Szwajcarii klub zdobył w sezonie 1903/04, a kolejny dopiero w sezonie 1999/2000, po 96 latach. Mistrzostwo z 2000 roku wywalczył zespół trenera Marcela Kollera, który został wybrany szwajcarskim trenerem roku, a później prowadził reprezentacje Szwajcarii i Austrii. Rok po tytule St. Gallen był o krok od następnego: w ostatniej kolejce sezonu 2000/01 przegrał u siebie 0:4 z Grasshoppers i stracił mistrzostwo. Z 1903/04 pochodzi także pierwsze mistrzostwo, ale pierwszy finał Pucharu Szwajcarii klub rozegrał dopiero w 1945 roku.
Pierwszy Puchar Szwajcarii klub zdobył w 1969 roku, pokonując w finale Bellinzonę 2:0. Przez kolejne dekady dotarł do jeszcze kilku finałów, w tym w 1977 i 1998 roku, a w 2021 i 2022 roku, pod wodzą trenera Petera Zeidlera, przegrał dwa kolejne z rzędu. Dopiero 24 maja 2026 roku na Wankdorfie w Bernie, po 26 latach od mistrzostwa, wygrał drugi Puchar Szwajcarii, pokonując drugoligowy Stade Lausanne-Ouchy 3:0, mimo czerwonej kartki dla bramkarza Lukasa Watkowiaka tuż przed przerwą. Bramki zdobyli Tom Gaal, Lukas Görtler i Christian Witzig, a trenerem zespołu był Enrico Maaßen. Wcześniej w sezonie 2025/26 St. Gallen zajął drugie miejsce w lidze.
Najsłynniejszy europejski wynik klubu pochodzi z sezonu 2000/01. Jako mistrz Szwajcarii St. Gallen zagrał w trzeciej rundzie eliminacji Ligi Mistrzów z Galatasaray i odpadł (3:4 w dwumeczu), a następnie w pierwszej rundzie Pucharu UEFA wyeliminował Chelsea. U siebie wygrał 2:0, w Londynie przegrał 0:1 i awansował z wynikiem 2:1 w dwumeczu. W drugiej rundzie zatrzymał go Club Brugge (1:1 i 1:2). Rok później St. Gallen wyeliminował w Pucharze UEFA Steauę Bukareszt (3:2 w dwumeczu), a odpadł z Freiburgiem. Wcześniej, w sezonie 1969/70, klub zagrał w Pucharze Zdobywców Pucharów, w którym wyeliminował duński Frem, a zatrzymał go Levski Sofia.
St. Gallen przez większość XX wieku grał na stadionie Espenmoos, od którego pochodzi przydomek klubu. W 2008 roku przeniósł się na nowoczesny obiekt na zachodzie miasta. Z trybun za jedną z bramek kibice znani są z kolorowych opraw, a St. Gallen uchodzi za miasto, w którym futbol ma wyjątkowo silną pozycję jak na szwajcarskie warunki.
Historia klubu jest historią długiego trwania: od restauracji przy Neugasse, przez dwa tytuły mistrzowskie rozdzielone niemal wiekiem, po drugi Puchar Szwajcarii zdobyty w 2026 roku. Dla kibiców w wschodniej Szwajcarii najstarszy klub kraju pozostaje czymś więcej niż tylko drużyną ligową.