FC Lugano jest jedynym klubem szwajcarskiej ekstraklasy z włoskojęzycznej części kraju, a jego historię najlepiej opowiada kolejność trzech domów: Campo Marzio, Cornaredo i nowego stadionu otwartego w 2026 roku. Klub powstał 28 lipca 1908 roku w lokalu Birreria della Posta. Pierwszym prezesem został Ernesto Corsini, a pierwszym kapitanem Domenico Bernardoni. Zespół, nazywany „bianconeri”, gra w czarno-białych barwach.
Pierwszym domem klubu było Campo Marzio, duże boisko w pobliżu jeziora, na którym drużyna rozgrywała mecze domowe przez niemal pół wieku. W latach 20. Lugano po raz pierwszy awansowało do najwyższej klasy rozgrywkowej (1922), a w 1931 roku zdobyło swój pierwszy Puchar Szwajcarii. Złotym okresem były lata 30. i 40.: klub zdobył mistrzostwo Szwajcarii trzykrotnie, w sezonach 1937/38, 1940/41 i 1948/49. Sukcesy skłoniły miasto do budowy nowego obiektu. Stadion Cornaredo oficjalnie otwarto 26 sierpnia 1951 roku, a w czerwcu 1954 roku rozegrano na nim jeden mecz mistrzostw świata, w którym Włochy pokonały Belgię 4:1.
Kolejne trofea przyszły w Pucharze Szwajcarii: w 1968 roku, w 1993 roku (w finale przeciwko Grasshoppers) i w 2022 roku, co daje łącznie cztery triumfy. Dzięki zwycięstwu z 1968 roku klub zadebiutował w Pucharze Zdobywców Pucharów, gdzie w sezonie 1968/69 odpadł już w pierwszej rundzie po dwumeczu z FC Barceloną (0:4 w sumie). W tym okresie z Lugano związany był Otto Luttrop, niemiecki piłkarz, który występował w klubie w latach 1966–1973, a później pracował w nim jako trener (1971–1973 i 1983–1985).
Najsłynniejszą europejską historię klub napisał jesienią 1995 roku. W pierwszej rundzie głównej fazy Pucharu UEFA Lugano trafiło na Inter Mediolan. W pierwszym meczu na Cornaredo, rozgrywanym w strugach deszczu, padł remis 1:1: dla Interu trafił Roberto Carlos, a wyrównał Edo Carrasco. Rewanż na San Siro 26 września 1995 roku rozstrzygnął ten sam zawodnik. W 85. minucie Carrasco rzutem wolnym pokonał bramkarza Interu i zapewnił Lugano awans po wyniku 2:1 w dwumeczu. W kolejnej rundzie szwajcarski zespół odpadł ze Slavią Praga, lecz dwumecz z Interem do dziś pozostaje jedną z najczęściej wspominowanych nocy w historii klubu.
Po latach sukcesów klub przeżył kryzys finansowy. Lugano zbankrutowało w 2003 roku i zostało rozwiązane, a w 2004 roku odrodziło się jako AC Lugano. Historyczną nazwę przywrócono w 2008 roku. Droga powrotna prowadziła przez zaplecze ekstraklasy: klub wygrał Challenge League w sezonie 2014/15 i od 2015 roku występuje w najwyższej klasie. W latach 2017 i 2019 awansował do fazy grupowej Ligi Europy, a rekordzistą pod względem występów jest Jonathan Sabbatini, urodzony w Urugwaju pomocnik, który rozegrał w klubie ponad 400 oficjalnych meczów i odszedł w czerwcu 2024 roku.
Od 2021 roku właścicielem klubu jest Joe Mansueto, właściciel Chicago Fire, a trenerem Mattia Croci-Torti. W sezonie 2023/24 Lugano zajęło drugie miejsce w lidze, co dało mu start w kwalifikacjach Ligi Mistrzów, a w sezonie 2025/26 zakończyło rozgrywki na trzecim miejscu. Sezon 2025/26 był ostatnim rozegranym na Cornaredo. Od 2026 roku klub gra na nowo wybudowanym stadionie w Lugano, rozpoczynając trzeci rozdział w swojej historii.